Na het einde van de apartheid in 1994 zochten Zuid-Afrikaanse bedrijven naar vakmensen om te emigreren en een groot aantal Nigerianen deed dat. In 2011 woonden er naar schatting 24.000 Nigerianen in Zuid-Afrika.
Veel van de goede wil van Zuid-Afrika jegens Nigerianen voor hun steun aan het ANC tijdens de apartheid is verdwenen door de activiteiten van de Nigeriaanse georganiseerde misdaad in het land. De Nigeriaanse georganiseerde misdaad, die zich vooral bezighoudt met illegale drugshandel, is in Zuid-Afrika tussen 1994 en 1998 snel gegroeid.
De toenemende concurrentie tussen de twee landen om posities in multilaterale organisaties zou de betrekkingen ook hebben verslechterd. Nigeria trad op tegen Zuid-Afrika om de zittende minister Jean Ping, die Nigeria steunt, te vervangen door de Zuidafrikaanse minister van Binnenlandse Zaken Nkosazana Dlamini-Zuma voor de machtige positie van voorzitter van de Commissie van de Afrikaanse Unie. De betrekkingen verslechterden verder toen Zuid-Afrika in 2011 zittend president Laurent Gbagbo steunde voor de macht in Ivoorkust. Nadat Dlamini-Zuma de verkiezingen had gewonnen, verklaarde Nigeria’s minister van Buitenlandse Zaken, ambassadeur Olugbenga Ashiru, dat hoewel Nigeria Ping steunde voor de positie van voorzitter van de AU, “dit een principieel standpunt was, samen met onze ECOWAS-leden, en we stonden er achter. Maar zoals gewoonlijk kunnen mensen insinueren dat wanneer Nigeria niet in het kamp van Zuid-Afrika was, dit betekent dat Nigeria tegen Zuid-Afrika is. Wij zijn niet tegen Zuid-Afrika”.
Kritiek op de mensenrechtenEdit
Het door Mandela geleide ANC had sinds 1993 getracht de politieke crisis in Nigeria te helpen oplossen na de annulering van de Nigeriaanse verkiezingen in juni 1993. In juni 1994 arresteerde de militaire heerser van Nigeria, generaal Sani Abacha, 40 politieke tegenstanders, waaronder het voormalige Nigeriaanse staatshoofd Olusegun Obasanjo en opperhoofd Moshood Abiola, en veroordeelde hen tot de doodstraf. Mandela stuurde aartsbisschop Desmond Tutu en toenmalig vice-president Thabo Mbeki op achtereenvolgende missies naar Nigeria om te lobbyen voor de vrijlating van Obasanjo, Abiola en negen anderen.
Tot aan de Commonwealth-top in 1995 werd Mandela door Abacha misleid in de overtuiging dat er uitstel van executie zou zijn. Een van de eerste Zuidafrikaanse experimenten met stille diplomatie mislukte echter toen Abacha in november 1995 de executie van de negen Ogoni-leiders, waaronder Ken Saro-Wiwa, doorzette. Daarna bekritiseerde de Zuid-Afrikaanse president Mandela in het openbaar generaal Abacha wegens schendingen van de mensenrechten en drong hij persoonlijk aan op een opschorting voor twee jaar van Nigeria’s lidmaatschap van het Gemenebest van Naties. Mandela bekritiseerde ook Royal Dutch Shell omdat het een gasproject van 4 miljard dollar in Nigeria had doorgezet, ondanks de impopulariteit van dit project in Nigeria en de rest van de wereld.
Dit leidde ertoe dat Zuid-Afrika in Afrika werd geïsoleerd, omdat het ervan werd beschuldigd dat het:
“gemanipuleerd” om een anti-Nigeriaans standpunt in te nemen door “de krachten van het Britse en Amerikaanse imperialisme”.
Binnen een maand begon Zuid-Afrika het spoor bijster te raken in een poging de relatie met andere Afrikaanse naties te herstellen; en in een poging regionaal prestige te herwinnen bij andere Afrikaanse regeringen ten koste van zijn internationale prestige. Op 29 maart 1995 probeerde Wole Soyinka, leider van een verbannen Nigeriaanse democratische beweging, een conferentie in Zuid-Afrika te houden. De Zuidafrikaanse regering reageerde door zes weken voor de conferentie geen visa te verlenen aan Nigeriaanse democraten. Zuid-Afrika’s regerende politieke partij, het ANC, riep op de conferentie af te gelasten.
Het Nigeriaanse debacle dwong Zuid-Afrika tot een nieuwe benadering van het buitenlands beleid. Het leidde het land ertoe af te zien van een ‘go it alone’-beleid en over te stappen op een beleid dat erop gericht was partnerschappen op te bouwen met Afrikaanse medestaten via regionale en continentale organen. Het maakte Zuid-Afrika ook terughoudend in het aangaan van confrontaties met andere Afrikaanse staten.:178
Visumbeperkingen en uitzettingenEdit
De betrekkingen tussen de twee landen liepen in 2012 schade op toen 125 Nigeriaanse reizigers naar Zuid-Afrika werden uitgezet omdat ze geen geldige gele koorts-certificaten hadden. Als vergelding zette Nigeria 56 Zuid-Afrikaanse zakenmensen het land uit. Dit zette de twee landen ertoe aan besprekingen te beginnen over het versoepelen van de reis- en visumbeperkingen tussen de twee landen als een middel om de bilaterale betrekkingen en de handel te verbeteren.