Er zijn momenteel vier overgeleverde exemplaren van De Geheime Openbaring van Johannes. Ze zijn grotendeels gelijk in basisstructuur en inhoud. Een opmerkelijk verschil tussen de codices is hun individuele lengte. De Berlijnse Codex en Nag Hammadi Codex III zijn korter dan de Nag Hammadi Codices I en II. Een ander punt van verschil tussen de codices is de afbeelding van de Verlosser/Christus figuur. De Berlijnse Codex gebruikt over het algemeen vaker de term “Christus”, terwijl het verhaal van de Nag Hammadi Codex III vaak de term “Heer” of “Verlosser” vervangt. De Nag Hammadi Codex III sluit zijn tekst echter af met het gebed “Jezus Christus, Amen.” Een bijkomend onderscheid, met betrekking tot de christelijke omlijsting van de teksten, is dat Nag Hammadi Codex III gedetailleerder ingaat op de afdaling van de Christus/Verlosser figuur in de gevangeniswereld van Demiurg en zijn rol in het vergemakkelijken van het ontwaken en bevrijden van de mensheid. Deze verschillen kunnen een zekere mate van variatie vertegenwoordigen in de manier waarop de gnostische kosmologie in een christelijke context werd verweven.
De onderstaande samenvatting van het Apocriefon is ontleend aan de vertaling van Wisse.
De tekst begint met Johannes die zijn eigen toestand van verdriet en verbijstering beschrijft na de kruisiging van Christus. De Heiland verschijnt dan, neemt verschillende gedaanten aan, en na Johannes’ angsten te hebben weggenomen, geeft hij het volgende kosmologische verhaal.
Het hoogste goddelijke principe is de Monade. De Monade wordt beschreven als een “monarchie met niets erboven”. Hij is oppermachtig, absoluut, eeuwig, oneindig, volmaakt, heilig en zelfvoorzienend. Zijn transcendente onuitsprekelijkheid wordt echter ook benadrukt. Hij is niet kwantificeerbaar, noch kunnen zijn kwaliteiten ooit echt beschreven worden. De Monade bestaat in onvoorstelbare volmaaktheid.
De Monade brengt uit zijn gedachte een vrouwelijke goddelijke entiteit of beginsel voort, Barbelo genaamd. Zij wordt beschreven als “de eerste gedachte”, en het “beeld” van de Monade. Hoewel Barbelo altijd wordt aangeduid als een ‘zij’, wordt zij ook beschreven als zowel de oermoeder als de oervader. Zij wordt ook beschouwd als “de eerste man” en beschreven in verschillende termen van androgynie. Zij is de eerste van een klasse wezens die de Aeonen worden genoemd, en een uitwisseling tussen haarzelf en de Monade brengt de andere Aeonen tot bestaan. Bovendien zijn de eigenschappen van Licht en Geest geboren uit de reflectie van de Monade op Barbelo. Licht is synoniem met Christus, ook wel “Christus de Autogene” genoemd. Het Licht en de Geest gaan over tot verdere creatieve activiteit, geholpen door en verheerlijkt door de superieure principes van Barbelo en de Monade. Samen brengen zij verdere Aeonen en krachten voort.
Eindelijk verstoort een van de Aeonen, Sophia “van de Epinoia”, de harmonie van deze processen door creatieve activiteit te ontplooien zonder de deelname of toestemming van de Geest van de Monade en zonder de hulp van een mannelijke begeleider. De scheppende kracht van haar gedachten brengt een entiteit voort met de naam Yaltabaoth, die de eerste is van een reeks onvolledige, demonische entiteiten die de Archons worden genoemd. Yaltabaoth, wiens karakter boosaardig en arrogant is, heeft ook een groteske vorm. Zijn hoofd is dat van een leeuw, terwijl hij een slangenlichaam heeft. Sophia erkent de misvormde, onvolmaakte aard van haar nageslacht en probeert het ergens te verbergen waar de andere Aeonen het niet zullen ontdekken. De daad van het verbergen van Yaltabaoth heeft ook tot gevolg dat Yaltabaoth zelf onwetend blijft van de bovenwereld en de andere Aeonen.
Ondanks het feit dat Yaltabaoth slechts één enkele ouder bezit en geschapen is zonder de toestemming van de Geest van de Monade, is hij krachtig genoeg om de creatieve processen van de superieure Aeonen na te bootsen. Hij schept een hele reeks andere Archons, die allemaal zijn eigen in wezen gebrekkige karakter delen, en schept een wereld voor hen om in te wonen. Deze wereld is fundamenteel inferieur aan de wereld daarboven. Hij is gemaakt van duisternis, maar wordt bezield door licht dat van Sophia is gestolen. Het resultaat is een wereld die noch “licht noch duister” is, maar in plaats daarvan “schemerig”. In zijn arrogantie en onwetendheid verklaart Yaltabaoth zichzelf tot de enige en jaloerse God van dit rijk.
De onvolmaaktheid van Yaltabaoth en zijn namaakwereld erkennend, toont Sophia berouw. In vergeving van haar fout, helpt de Geest van de Monade de andere Aeonen en krachten in een poging om Sophia en haar bastaard schepping te verlossen. Tijdens dit proces horen Yaltabaoth en zijn Archons de stem van de Geest van de Monade. Hoewel ze doodsbang zijn voor de stem, laat de echo een spoor achter van een afbeelding van de Geest op de “wateren” die het dak van hun rijk vormen. In de hoop deze kracht voor zichzelf te kunnen gebruiken, proberen zij een kopie van dit beeld te maken. Het eindresultaat van dit proces is de eerste mens, Adam.
Op zoek naar een kans om het licht terug te vinden dat gevangen zit in de duisternis van Yaltabaoth en zijn wereld, bedenken Sophia en agenten van de hogere orde, die afwisselend de ‘plenoria’ of de ‘Epinoia’, en later de ‘pleroma’ worden genoemd, een plan. Zij misleiden Yaltabaoth door zijn eigen spirituele essentie in Adam te blazen. Hierdoor wordt Adam tegelijkertijd bezield en raakt Yaltabaoth het van Sophia afkomstige deel van zijn wezen kwijt.
Ziend de helderheid, intelligentie en algemene superioriteit van de nu bezielde Adam, betreuren Yaltabaoth en de Archons hun creatie en doen hun best om hem gevangen te nemen of van de hand te doen. Als dat niet lukt, proberen ze hem te neutraliseren door hem in de Hof van Eden te plaatsen. In dit verhaal is de Hof van Eden een vals paradijs waar de vruchten van de bomen zonde, lust, onwetendheid, opsluiting en dood zijn. Terwijl zij Adam toegang geven tot de Boom des Levens, verbergen zij de Boom van Kennis van Goed en Kwaad. Volgens dit verhaal vertegenwoordigt de Boom van Kennis in feite het binnendringen van de positieve krachten van de hogere wereld en de Epinoia in het rijk van Yaltabaoth.
Op dit punt in het verhaal onthult Christus aan Johannes dat hij het was die Adam ertoe bracht de vrucht van de Boom van Kennis te consumeren. Bovendien wordt onthuld dat Eva een helper is, gezonden door agenten van de hogere orde om te helpen het licht te bevrijden dat gevangen zit in Yaltabaoth’s schepping en in Adam. Zij wordt geschapen wanneer Yaltabaoth probeert het licht uit Adam te trekken. Dit resulteert in de schepping van het vrouwelijke lichaam. Wanneer Adam haar waarneemt, ziet hij een weerspiegeling van zijn eigen essentie en wordt hij bevrijd van de betoverende macht van Yaltabaoth.
Het verhaal beschrijft vervolgens de pogingen van Yaltabaoth om de controle over de essentie van het Licht terug te krijgen. Zijn voornaamste plan is om de menselijke voortplanting in gang te zetten, waarmee hij hoopt nieuwe menselijke lichamen te creëren die worden bewoond door een namaakgeest. Deze namaakgeest stelt Yaltabaoth en zijn agenten in staat het menselijk ras te misleiden, hen in onwetendheid te houden over hun ware aard, en is het voornaamste middel waarmee Yaltabaoth de mensheid in onderwerping houdt. Het is de bron van alle aardse kwaad en verwarring, en zorgt ervoor dat mensen sterven “zonder de waarheid te hebben gevonden en zonder de God der waarheid te kennen”.
Na deze openbaring neemt het verhaal dan de vorm aan van een reeks vragen en antwoorden tussen Johannes en de Heiland. Deze gaan over een aantal onderwerpen, maar zijn grotendeels soteriologisch van aard. Johannes vraagt aan Christus wie in aanmerking komt voor verlossing, en Christus antwoordt met het antwoord dat zij die in contact komen met de ware Geest, verlossing zullen ontvangen, terwijl zij die beheerst worden door de valse geest, verdoemenis zullen ontvangen. Christus openbaart in dit verband ook zijn eigen rol als bevrijder van het hogere rijk. Christus, die zichzelf beschrijft als de “herinnering aan de Pronoia” en “de herinnering aan het pleroma”, brengt licht in de duisternis van de gevangenis van Yaltabaoth. Hier wekt hij de gevangenen op tot waakzaamheid en herinnering. Zij die de openbaring van Christus ontvangen en erdoor gewekt worden, worden opgewekt en “verzegeld … in het licht van het water met vijf zegels”. Zij worden dus gespaard voor dood en verdoemenis. Dit aspect van Christus’ rol wordt vollediger uitgewerkt in Nag Hammadi Codex III, terwijl het in de Berlijnse Codex wordt weggelaten.
Dit is het slot van Christus’ boodschap. Tenslotte verklaart de verlosser dat een ieder die deze openbaringen voor persoonlijk gewin deelt, zal worden vervloekt. De Nag Hammadi Codex III versie van de tekst eindigt met het gebed, “Jezus Christus, Amen”.