Wegens de hoge gevoeligheid voor infecties zijn antibiotica de meest gebruikte geneesmiddelen bij pasgeborenen. Het resultaat van antibioticagebruik kan echter sterk worden beïnvloed door de eigenaardige fysiologie van de pasgeborene, die wordt gekenmerkt door het delicate aanpassingsproces van het intra- naar het extra-uteriene leven. Andere belangrijke factoren die de antibioticatherapie kunnen beïnvloeden zijn de zwangerschapsduur, het geboortegewicht, de intra-uteriene groeibeperking, de chronologische leeftijd en vooral de onrijpheid van de nier- en leverfunctie. Daarom moet bij de dosering, timing en toedieningsweg zorgvuldig rekening worden gehouden met de neonatale variabiliteit van biologische beschikbaarheid, distributie, metabolisme, biotransformatie en excretie. De fijnafstelling van de dosering en de duur van de therapie moeten worden gebaseerd op farmacokinetische en farmacodynamische parameters. Ondanks aanzienlijke variaties in de etiologie van sepsis blijft de beste eerste empirische therapie van een vermoedelijke systemische infectie nog steeds, zoals enkele jaren geleden, de combinatie van ampicilline en gentamicine. Andere zeer doeltreffende en nuttige antibiotica, zoals cefalosporines, carbanepems of glycopeptiden moeten oordeelkundig aan zuigelingen worden toegediend, volgens de aanbevelingen van een beperkt gebruik, om een maximale doeltreffendheid en een minimale toxiciteit te verkrijgen. Tenslotte zijn macrolide antibiotica, wegens hun bijzondere kenmerken, onlangs voorgesteld voor andere indicaties dan de antibacteriële activiteit. Het gebruik van orale erytromycine voor de behandeling van gastro-intestinale dysmotiliteit bij premature zuigelingen zou de incidentie van met parenterale voeding geassocieerde cholestase met bijna 50% kunnen verminderen, terwijl azithromycine wegens de gecombineerde antibiotische en ontstekingsremmende effecten met succes is gebruikt in een proefstudie bij zuigelingen met een extreem laag geboortegewicht voor de preventie van bronchopulmonale dysplasie.