Náboženská příslušnost v Nigérii silně souvisí s etnickou příslušností, s poměrně výrazným regionálním rozdělením etnických skupin. V severních státech, kde dominují skupiny Hausů a Fulanů, převažují muslimové, zatímco v jižních etnických skupinách žije velké množství křesťanů. Na jihozápadě země není žádné převládající náboženství. Kmen Jorubů, který je většinovou etnickou skupinou na jihozápadě, vyznává křesťanství, muslimství a/nebo tradiční jorubské náboženství, které se soustřeďuje na víru v jednoho nejvyššího boha a několik menších božstev.
Celkové statistiky uvádějí, že přibližně 50 % obyvatelstva jsou muslimové, přičemž většina vyznává sunnitskou větev víry. Asi 40 % je křesťanů a asi 10 % vyznává tradiční africká náboženství nebo nevyznává žádné náboženství. Mnoho lidí
zahrnují prvky tradiční víry do vlastní praxe křesťanství nebo islámu. Křesťanskou komunitu tvoří římští katolíci (největší denominace), metodisté, anglikáni, baptisté, presbyteriáni a příslušníci evangelikálních a letničních skupin.
Ačkoli ústava zakazuje státním a místním samosprávám vyhlašovat oficiální náboženství, řada států nedávno přijala různé formy islámského trestního a občanského práva známého jako šaría, což mnozí křesťané považují za přijetí islámu jako faktického náboženství. Ústava rovněž stanoví svobodu náboženského vyznání, nicméně některé státy omezily náboženské demonstrace, procesí nebo shromáždění z důvodu veřejné bezpečnosti. Je známo, že majitelé podniků a veřejní činitelé diskriminují osoby jiného vyznání, než je jejich vlastní, v otázkách poskytování služeb a přijímání zaměstnanců. Stejný typ diskriminace existuje i mezi příslušníky různých etnických skupin. Některé křesťanské a muslimské svátky jsou oficiálně dodržovány.
Mezi křesťany a muslimy panuje vysoká míra napětí a jsou zaznamenány případy násilí vůči oběma skupinám. Konflikty však mohou pramenit především z etnických a regionálních rozdílů, neboť existuje řada zpráv o násilí mezi různými etnickými skupinami stejného náboženství.