V posledních letech bylo zavražděno mnoho LGBT lidí, přičemž někteří z těchto činů viní politiky a náboženskou komunitu.
Rozřezané tělo 19letého vysokoškolského studenta Jorgeho Stevena Lópeze Mercada bylo objeveno 14. listopadu 2009 ve městě Cayey, které se nachází ve vnitrozemí ostrova. López byl široce známý jako dobrovolník organizací prosazujících práva homosexuálů a prevenci HIV a aktivisté za něj plánovali vzpomínkové vigilie ve městech včetně San Juanu, Chicaga a New Yorku. Podle místní policie je případ vyšetřován jako možný zločin z nenávisti podle nově schváleného amerického federálního zákona o zločinech z nenávisti, který zahrnuje zločiny proti lidem, kteří jsou (nebo jsou vnímáni jako) homosexuálové nebo transsexuálové. Juan A. Martinez Matos byl zatčen několik dní po nálezu těla Lópeze Mercada. Dne 12. května 2010 Martinez Matos přiznal vinu a byl odsouzen k 99 letům vězení za vraždu Lópeze Mercada.
Dne 19. dubna 2010 bylo v kuchyni jejího domu objeveno tělo Ashley Santiagové, transgenderové ženy, která žila ve městě Corozal. Santiago, stylistka v místním salonu, byla nalezena nahá na podlaze a neznámý útočník ji čtrnáctkrát bodl nožem.
13. září 2010 byla u silnice v městečku Juana Diaz nalezena těla Justa Luise „Michelle“ Gonzaleze a Miguela Orlanda „La Flaca“ Sota, dvou transsexuálů. Po těchto dvou úmrtích aktivisté LGBT na ostrově uvedli, že za posledních deset měsíců bylo na ostrově zabito devět gayů a transsexuálů a místní úřady na tyto zločiny adekvátně nereagovaly. V říjnu 2012 byla Malena Suarezová, transsexuální žena žijící v Karolíně, nalezena mrtvá ve svém domě v důsledku několikanásobného pobodání. Její smrt byla 30. vraždou proti LGBT v Portoriku za posledních deset let.
.