Amonifikace je proces, při kterém se recykluje organicky vázaný dusík z mikrobiální, rostlinné a živočišné biomasy po jejich smrti. Amonifikaci provádí rozmanitá škála mikroorganismů, které vykonávají ekologické rozkladné služby, a jejím produktem je amoniak nebo amonný ion. Amonium je vhodným zdrojem výživy pro mnoho druhů rostlin, zejména pro ty, které žijí v kyselých půdách. Většina rostlin však nedokáže amonium účinně využívat a jako základní zdroj dusíkaté výživy vyžaduje dusičnany.
Dusičnany jsou syntetizovány z amonia důležitým bakteriálním procesem známým jako nitrifikace. Prvním krokem nitrifikace je oxidace amoniaku na dusitany (NO- 2 ), kterou provádějí bakterie rodu Nitrosomonas. Po vytvoření je dusitan rychle oxidován dále na dusičnany, a to bakteriemi rodu Nitrobacter. Bakterie odpovědné za nitrifikaci jsou velmi citlivé na kyselost, takže tento proces neprobíhá ve významné míře v kyselé půdě nebo vodě. To je důvod, proč rostliny kyselých stanovišť musí být schopny využívat amonium jako zdroj dusíkaté výživy.
.