V současné době existují čtyři dochované opisy Tajného zjevení Janova. V základní struktuře a obsahu se do značné míry shodují. Jedním z pozoruhodných rozdílů mezi kodexy je jejich individuální délka. Berlínský kodex a Kodex Nag Hammádí III jsou kratší než kodexy Nag Hammádí I a II. Dalším styčným bodem mezi kodexy je zobrazení postavy Spasitele/Krista. Berlínský kodex obecně častěji používá termín „Kristus“, zatímco vyprávění Kodexu Nag Hammádí III často nahrazuje termín „Pán“ nebo „Spasitel“. Kodex Nag Hammádí III však svůj text uzavírá modlitbou „Ježíši Kriste, amen“. Další rozdíl, pokud jde o křesťanské zarámování textů, spočívá v tom, že Kodex z Nag Hammádí III se podrobněji věnuje sestupu postavy Krista/Spasitele do vězeňského světa Demiurga a jeho roli při usnadnění znovuprobuzení a osvobození lidstva. Tyto rozdíly mohou představovat určitý stupeň variability ve způsobu, jakým byla gnostická kosmologie vetkána do křesťanského kontextu.
Následující shrnutí apokryfu pochází z Wisseho překladu.
Text začíná tím, že Jan popisuje svůj vlastní stav smutku a zmatku po Kristově ukřižování. Poté se zjevuje Spasitel, bere na sebe různé podoby a poté, co zažene Janovy obavy, poskytuje následující kosmologické vyprávění.
Nejvyšším božským principem je Monáda. Monáda je popsána jako „monarchie, nad níž není nic“. Je nejvyšší, absolutní, věčná, nekonečná, dokonalá, svatá a soběstačná. Zdůrazněna je však také jeho transcendentní nevýslovnost. Není kvantifikovatelný a jeho vlastnosti nelze nikdy skutečně popsat. Monáda existuje v nepředstavitelné dokonalosti.
Monáda vytváří ze své myšlenky ženskou božskou entitu či princip jménem Barbelo. Ta je popisována jako „první myšlenka“ a „obraz“ Monády. Ačkoli je Barbelo vždy označována jako „ona“, je také popisována jako prvotní matka i otec. Je také považována za „prvního člověka“ a popisována v různých termínech androgynie. Je první ze třídy bytostí označovaných jako Aeony a výměnou mezi ní a Monádou vznikají ostatní Aeony. Kromě toho se vlastnosti Světla a Mysli rodí z odrazu Monády na Barbelu. Světlo je synonymem Krista, nazývaného také „Kristus Autogén“. Světlo a Mysl se zapojují do další tvůrčí činnosti, přičemž jsou podporovány a oslavovány nadřazenými principy Barbelo a Monády. Společně plodí další Aeony a síly.
Nakonec jeden z Aeonů, Sofie „z Epinoie“, naruší harmonii těchto procesů tím, že se zapojí do tvůrčí činnosti bez účasti či souhlasu Ducha Monády a bez pomoci mužského konsorcia. Tvůrčí síla její myšlenky vytváří entitu jménem Yaltabaoth, která je první z řady neúplných, démonických entit zvaných Archoni. Jaltabaoth, jehož povaha je zlovolná a arogantní, má také groteskní podobu. Jeho hlava připomíná lva, zatímco má hadí tělo. Sofie si uvědomuje deformovanou, nedokonalou povahu svého potomka a snaží se ho ukrýt někde, kde ho ostatní Aeoni neobjeví. Akt ukrytí Jaltabaota má také za následek, že sám Jaltabaot zůstává o horním světě a ostatních Aeonech nevědomý.
Přestože Jaltabaot vlastní pouze jediného rodiče a byl stvořen bez souhlasu Ducha Monády, je dostatečně mocný na to, aby napodoboval tvůrčí procesy vyšších Aeonů. Stvoří celou řadu dalších Archonů, z nichž každý sdílí jeho v podstatě nedostatečnou povahu, a vytvoří pro ně svět, který obývají. Tento svět je v zásadě horší než svět nad ním. Je vytvořen z temnoty, ale oživen světlem ukradeným Sofii. Výsledkem je svět, který není ani „světlý, ani temný“, ale naopak je „matný“. Ve své aroganci a nevědomosti se Jaltabaoth prohlašuje za jediného a žárlivého Boha této říše.
Poznáním nedokonalosti Jaltabaotha a jeho falešného světa se Sofie kaje. S odpuštěním jejího omylu pomáhá Duch Monády ostatním eonům a mocnostem ve snaze vykoupit Sofii a její bastardí stvoření. Během tohoto procesu slyší Yaltabaoth a jeho archonti hlas Ducha Monády. Hlas je sice vyděsí, ale jeho ozvěna zanechá stopu obrazu Ducha na „vodách“, které tvoří střechu jejich říše. V naději, že tuto moc využijí pro sebe, se pokusí vytvořit kopii tohoto obrazu. Konečným výsledkem tohoto procesu je první člověk, Adam.
Rozpoznajíce příležitost získat zpět světlo uvězněné v temnotě Jaltabaota a jeho světa, vymyslí Sofie a zástupci vyššího řádu, označovaní různě jako „plenoria“ nebo „Epinoia“ a později jako „pleroma“, plán. Obelstí Jaltabaota, aby do Adama vdechl svou vlastní duchovní podstatu. Tím zároveň oživí Adama a zbaví Jaltabaota části jeho bytosti pocházející ze Sofie.
Při pohledu na světelnost, inteligenci a celkovou převahu nyní oživeného Adama Jaltabaoth a Archoni litují svého výtvoru a snaží se ho uvěznit nebo zlikvidovat. Když se jim to nepodaří, pokusí se ho zneškodnit tím, že ho umístí do Rajské zahrady. V tomto vyprávění je Rajská zahrada falešným rájem, kde plody stromů jsou hřích, chtíč, nevědomost, uvěznění a smrt. Zatímco Adamovi umožní přístup ke stromu života, strom poznání dobra a zla mu zatají. Podle tohoto vyprávění Strom poznání ve skutečnosti představuje pronikání pozitivních sil vyššího světa a Epinoie do Jaltabaotovy říše.
V tomto bodě vyprávění Kristus Janovi odhaluje, že to byl on, kdo způsobil, že Adam požil ovoce Stromu poznání. Kromě toho je odhaleno, že Eva je pomocnice vyslaná zástupci vyššího řádu, aby pomohla osvobodit světlo uvězněné v Yaltabaothově stvoření a v Adamovi. Je stvořena, když se Jaltabaoth pokusí světlo z Adama vytáhnout. Výsledkem je stvoření ženského těla. Když ji Adam vnímá, vidí odraz své vlastní podstaty a je osvobozen od uhrančivé moci Yaltabaotha.
Vyprávění pak podrobně popisuje Yaltabaothovy pokusy znovu získat kontrolu nad podstatou Světla. Jeho hlavním plánem je zahájení činnosti lidské reprodukce, kterou chce vytvořit nová lidská těla obydlená falešným duchem. Tento falešný duch umožňuje Jaltabaothovi a jeho agentům klamat lidskou rasu, udržovat ji v nevědomosti o její skutečné podstatě a je hlavním prostředkem, jímž Jaltabaoth udržuje lidstvo v područí. Je zdrojem všeho pozemského zla a zmatku a způsobuje, že lidé umírají, „aniž by nalezli pravdu a poznali Boha pravdy“.
Po tomto zjevení má pak vyprávění podobu série otázek a odpovědí mezi Janem a Spasitelem. Ty se týkají řady témat, ale jsou převážně soteriologické povahy. Jan se Krista ptá, kdo má nárok na spasení, a Kristus odpovídá, že ti, kdo přijdou do styku s pravým Duchem, obdrží spasení, zatímco ti, které ovládne falešný Duch, obdrží zatracení. Kristus v této souvislosti také odhaluje svou vlastní roli osvoboditele z vyšší sféry. Kristus, který sám sebe označuje za „paměť Pronoia“ a „paměť pleroma“, vnáší světlo do temnoty Jaltabotova vězení. Zde probouzí vězně k bdělosti a paměti. Ti, kdo přijímají a jsou probuzeni Kristovým zjevením, jsou vzkříšeni a „zapečetěni … ve světle vody pěti pečetěmi“. Jsou tak ušetřeni smrti a zatracení. Tento aspekt Kristovy role je podrobněji rozveden v Kodexu III z Nag Hammádí, zatímco v Berlínském kodexu je vynechán.
Tím Kristovo poselství končí. Na závěr Spasitel uvádí, že každý, kdo se o tato zjevení podělí za účelem osobního prospěchu, bude proklet. Verze textu v Kodexu Nag Hammádí III končí modlitbou: „Ježíši Kriste, amen“.
.