1 Introduction
Clonorchis sinensis, Opisthorchis felineus and Opisthorchis viverrini （扁形動物門、Optihelminthes属、Optihelminthes felineus, Opisthorchis viverrini）; クラス Trematoda; Family Opisthorchiidae）は、世界中で約 2400 万人が感染し、349,737 人以上の障害調整生命年という世界的な負担を引き起こす重要な食中毒の肝臓フラムである（Furst et al., 2012). 広範な肝フルークとして、C. sinensisは、主に中国、ベトナム、韓国、ロシア極東で少なくとも1500万人に感染する（Furst et al., 2012; Qian et al., 2016）。
C. sinensis感染は顧みられない熱帯病であるクロノーキア症を引き起こす（Qian et al., 2016）。 C. sinensisに感染すると，肝線維化などの慢性肝胆道系疾患を引き起こすことが多く，胆道系の悪性腫瘍である胆管癌（CCA）を誘発することがある。 それゆえ、C.sinensisは国際がん研究機関によってクラスI発がん物質に分類されている（Choi et al., 2004, 2011; Grosse et al., 2009）。
現在までに、クロノルキア症の予防ワクチンはなく、ヒトには再感染に対する抵抗性はない（Qian et al., 2016）。 唯一推奨されている薬剤であるプラジカンテル（PZQ）を繰り返し使用すると、フルークが薬剤耐性を獲得するリスクが高まります（WHO、2013年）。 クロノルキア症をよりよく制御するために、寄生虫の生物学と疫学に関する研究が行われ、診断と治療に焦点が当てられてきました。 現在、C. sinensisの分子生物学的な深い理解は、ハイスループットシーケンス技術を使用して作成された新しいトランスクリプトームおよびゲノムリソースの使用に支えられ、可能となっています（Huangら、2013年；Wangら、2011年；Yooら、2011年；Youngら、2010年）。 中国産のC. sinensisのゲノムは、この肝フランクスの分子経路とプロセスを探索するための基盤となる。 例えば、C. sinensisのゲノムには、宿主の脂質を代謝するために必要な遺伝子がすべてコードされていますが、標準的な脂肪酸生合成に関連する遺伝子は含まれていません（Huang et al.、2013；Wang et al.、2011）。 さらに、このゲノムには多数の排泄分泌タンパク質（ESP）がコードされており、その多くは宿主-寄生虫相互作用に関与していると推測される。 しかし、生物学的に関連する遺伝子／遺伝子産物の機能や、地理的に異なるC. sinensisの分離株間の遺伝的変異のレベルに関する詳細な情報はない。
C. sinensisの単一の核ゲノムが、この種の地理的に異なる分離株すべてを表すのに十分だと考えられてきた（Huangら、2013；Wangら、2011）。 しかし，C. sinensis内の核型変異や，関連するオピストホーキッド属のフルク，O. viverrini内の隠蔽種（cf. Petney et al., 2013）の証拠が，C. sinensisの地理的に異なる分離株の遺伝学を研究し比較することの重要性を強調している． 選択された遺伝子座に関するこれまでの研究から、この寄生虫の変異は、生活環、気候変動、環境適応などの複数の要因に影響されていることが示唆されている（Chelomina et al.） 例えば、C. sinensis内のミトコンドリアcox1遺伝子における低ヌクレオチド、高ハプロタイプ変異は、氷河期以降の急激な集団拡大に関係しているようだ（Chelomina et al., 2014; Tatonova et al.） しかし、このような結論には、綿密な集団遺伝学的調査が必要である。
現在、ハイスループットシーケンス技術と高度なバイオインフォマティクスを用いて全ゲノムレベルでそのような調査を実施することが可能である。 このような研究により、C. sinensis集団の遺伝的構造と下位構造、および感染や適応プロセスに関与する遺伝子や遺伝子産物の変異を探索することが可能になる。 本章の目的は、C. sinensis/クロノルキア症の生物学、疫学、病因、診断、制御に関する背景を提供し、C. sinensisの遺伝学、分子生物学、ゲノミクスに関する現在の知識を批判的に検討し、新しい配列決定技術、およびこの重要な寄生体の将来の遺伝子研究に使用できるゲノムツールやリソースに光を当てることにある
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