BISは脳波由来の多変量スケールで、プロポフォールなどの薬剤を使用した場合、ブドウ糖の代謝率と相関がある。 意識消失と麻酔からの覚醒はともにこの尺度に相関している。 BIS指標モニタリングの有効性については、議論の余地がないわけではない。 いくつかの対照研究では、BISを使用すると記憶の発生率が低下することが判明していますが、これは意識に関するいくつかの非常に大規模な多施設共同研究では確認されていません。 2014年のコクランレビューでは、「標準的な診療で麻酔薬投与の目安として臨床徴候を用いた4つの研究（7761人）を対照群として、BISモニタリングによる気づきのリスクの有意な減少を実証した」とされています。 麻酔管理の目安としてBISモニタリングとETAG（end tidal anaesthetic gas）モニタリングを比較した4つの研究（26,530人）では、術中覚醒の点では差がないことが示された」と述べています。 Sociedad de Anestesiología Reanimación y Terapéutica del Dolor de Madridは、文献に基づくエビデンスに従って麻酔深度のモニタリングを推奨しています。 しかし、BISは明確には推奨されていない。 3365>
bispectral indexは、意識低下の原因（薬物、代謝性疾患、低体温、頭部外傷、低酸素血症、自然睡眠など）とは無関係に、意識レベルを測定することは証明されていない。 一般的な臨床状態は患者によって大きく異なり、予後も異なるが、すべての意識障害患者がBIS値を低くするわけではない。 さらに、意識のある患者すべてがBIS値が高いわけでもない。
バイスペクトル指数はアーチファクトを起こしやすい。 サクシニルコリンなどの神経筋遮断剤を投与された意識のある患者の中には、bispectral indexのスコアが低い場合があり、そのような患者ではBISは意識を検出できないことがある。 脳死、循環停止、低体温など、すべての状況においてその数値を信頼することはできない。 手術中の不快な刺激に対する反応を意図的に評価するには、自律神経系のモニター（最初の商用モニターは、特許WO1997037586に基づいて旧スイス企業メディカルシステムSAが開発したANEMON-Iモニター）の方が適しているかもしれません。 しかし、意識をモニターするためには、中枢神経系のモニターの方が適しているかもしれない。 B-Aware試験の発表後、BIS指数が60以下であることを確認することは、従来の麻酔法を使用する場合、「高リスク」グループの手術中の麻酔意識のリスクを低減することが示唆された。 しかし、最近発表された無作為化対照試験「B-Unaware Trial」では、この結果は再現されなかった。 この試験では、BISモニタリングの使用は、麻酔覚醒の発生率の低下と関連しなかった。 場合によっては、BISは麻酔の深さを過小評価し、麻酔医に必要以上の麻酔薬を投与させることがある。 このような場合、患者は手術や処置に必要なよりも低いBISレベルに麻酔されるかもしれません-これは「BISの治療」と呼ばれ、必要以上に深い麻酔レベルをもたらすかもしれません）
ICU患者における脳波のモニタリングは、20年以上にわたって何らかの形で採用されてきました。 BISモニタリングは，救急車やヘリコプターなどでの重症患者の搬送時にも使用されている。
いくつかの研究では，成人と比較して，小児では術中意識の発生率が高いことが示されている。 1歳以上の小児におけるbispectral indexと意識状態との相関はすでに証明されているが、若年者においては、BISアルゴリズムが利用する未熟な幼児脳波パターンと成人脳波パターンとの相違により、モニターの信頼性は低い。
特に術中意識については、2013年のアトランティックの記事によると、「今日、BISモニターは、外科のすべてではないにしても、麻酔科で最も議論を呼ぶ医療機器になっている」
という。