近年、多くのLGBTが殺害され、これらの行為の責任を政治家や宗教団体に押し付ける人もいます。
19歳の大学生Jorge Steven López Mercadoのバラバラ死体は、島の内陸部にある都市、Cayeyで2009年11月14日に発見されました。 ロペスさんは、同性愛者の権利やHIV予防を提唱する団体のボランティアとして広く知られており、活動家たちはサンファン、シカゴ、ニューヨークなどの都市で彼の追悼集会を計画していました。 地元警察によると、ゲイやトランスジェンダーである（と認識されている）人に対する犯罪を含む、新たに承認された米国連邦憎悪犯罪法に基づき、憎悪犯罪の可能性があるとして捜査中とのことです。 Juan A. Martinez Matosは、López Mercadoの遺体が発見された数日後に逮捕されました。 2010年5月12日、マルティネス・マトスは有罪を認め、ロペス・メルカド殺害の罪で99年の刑を言い渡されました。
2010年4月19日、コロサルの町に住むトランスジェンダーの女性、アシュリー・サンティアゴの遺体が彼女の家の台所で発見されました。 地元のサロンのスタイリストだったサンティアゴは、床で裸で発見され、正体不明の加害者に14回刺されていました。
2010年9月13日には、フアナディアスという小さな町の道路沿いで、2人のニューハーフ、フスト・ルイス「ミシェル」ゴンサレスとミゲル・オルランド「ラフラカ」ソトの遺体が殺害されているのが見つかりました。 この2人の死によって、島のLGBT活動家たちは、この10ヶ月間で9人のゲイと性転換者が島で殺害され、地元当局はこれらの犯罪に十分な対応をしていないと表明しています。 2012年10月には、カロライナに住むトランスジェンダーの女性、マレーナ・スアレスが、複数の刺殺事件により自宅で死亡しているのが発見されました。 彼女の死は、プエルトリコでこの10年間に起きた30件目の反LGBT殺人事件となった
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