Riscaldare il forno a 400ºF. Mettere le vongole in un solo strato in una pentola molto grande, e aggiungere abbastanza acqua fredda per arrivare alla cerniera posteriore delle vongole (5 a 6 tazze). Coprire e portare a ebollizione a fuoco lento. Ridurre il calore come necessario per mantenere un basso livello di ebollizione; cuocere fino a quando le vongole si aprono, circa 5 minuti. Togliere la pentola dal fuoco e scoprire. Lasciare riposare fino a quando le vongole sono abbastanza fresche da poter essere maneggiate. Rimuovere le vongole dalla pentola, riservando il brodo. Scartare le vongole non aperte. Rimuovere la carne di vongola dalle conchiglie; tritare finemente la carne, e mettere da parte.
Utilizzando le cesoie per il pollame, tagliare le cerniere delle conchiglie. Disporre le mezze conchiglie su una teglia bordata di alluminio. Versare 2 tazze di brodo di vongole in un misurino per liquidi, lasciando qualsiasi sabbia o residuo sul fondo della pentola. Mettere da parte il brodo di vongole. Riservare qualsiasi brodo rimanente per un altro uso, o scartare.
Fondere il burro in una grande padella a fuoco medio. Aggiungere la salsiccia e cuocere, mescolando di tanto in tanto, fino a quando la salsiccia si è gonfiata e ha rilasciato il suo olio rosso, da 1 a 2 minuti. Rimuovere la salsiccia con un cucchiaio forato, e trasferire in un piatto rivestito con carta assorbente per scolare. Aggiungere la cipolla, il sedano e il peperone alla padella; mescolare per ricoprire di grasso. Cuocere, mescolando spesso, fino a quando le verdure sono ammorbidite, circa 8 minuti. Aggiungere l’aglio e cuocere, mescolando spesso, 1 minuto. Togliere dal fuoco.
Aggiungere la carne di vongola tritata, salsiccia, pangrattato, timo, e 1 tazza di brodo di vongola riservato alla padella, e tornare al fuoco su medio. Piegare per combinare; cuocere solo fino a quando riscaldato attraverso, circa 1 minuto (se la miscela è troppo secca, aggiungere il restante 1 tazza di brodo, 1/4 di tazza alla volta, come necessario). La miscela dovrebbe essere umida ma non bagnata). Mescolare in prezzemolo, sale e pepe nero.
Dividere il ripieno tra i gusci di vongole su una teglia preparata (circa 1/4 di tazza ciascuno). Cuocere in forno preriscaldato fino a quando le cime sono sfrigolanti e dorate, circa 20 minuti. Dividere i ripieni tra 8 piatti; guarnire con rametti di prezzemolo e servire immediatamente con spicchi di limone.