Il termine pittura fiamminga si riferisce alle opere prodotte dal XV al XVII secolo nella regione che coincide approssimativamente con l’odierno Belgio. Nel XV secolo si cominciarono a produrre dipinti che affascinarono gli amanti dell’arte di tutta Europa per il realismo dei dettagli e la lucentezza delle superfici, ottenuti grazie al nuovo uso della pittura a olio. Dato che, a partire dalla fine del XV secolo, la Spagna e gli antichi Paesi Bassi erano sotto il dominio congiunto della dinastia degli Asburgo, i monarchi spagnoli erano in una posizione vantaggiosa per raccogliere la pittura di questa regione. Come risultato, il Museo del Prado ha una delle migliori e più grandi collezioni di pittura fiamminga esistenti, con quasi 1.000 opere.
Notevole nella collezione di pittura del XV secolo è La discesa dalla croce di Rogier van der Weyden (ca. 1399-1464), una delle grandi opere canoniche della storia dell’arte europea. Ben rappresentati al Prado sono anche Robert Campin (ca.1375-1444), Hans Memling (attivo dal 1465 al 1494) e, all’inizio del XVI secolo, Gerard David (ca.1460-1523) e Jan Gossaert (ca.1478-1532).
Hieronmyous Bosch, conosciuto in Spagna come El Bosco, è uno dei pittori che più affascina i visitatori dei musei moderni per il notevole mondo fantastico che si vede nei suoi dipinti e per il tono satirico con cui critica il comportamento umano. Alcuni decenni dopo la morte dell’artista, Filippo II divenne il principale collezionista delle sue opere, spiegando perché il Museo del Prado ha la migliore e più grande collezione al mondo.
Nel XVI e XVII secolo, Anversa divenne uno dei principali centri artistici europei. Dal suo competitivo mercato dell’arte emersero i primi paesaggi conosciuti, dipinti da Joachim Patinir (circa 1480-1524), e il Prado possiede quattro delle sue opere più importanti. Nel XVI secolo fu attivo anche il grande Pieter Brueghel il Vecchio (1552/30-1569), il creatore dello squisito e macabro Trionfo della Morte e anche de Il vino di San Martino, una delle più importanti acquisizioni fatte dal Museo negli ultimi decenni.
La grande figura della pittura fiamminga del XVII secolo fu Rubens (1577-1640), che divenne l’artista più celebrato in Europa e fu anche il pittore preferito del suo grande patrono spagnolo, Filippo IV. Rubens produsse un corpo di lavoro sensuale e maestoso ispirato all’arte dell’antichità. Il Museo del Prado possiede la più grande collezione esistente delle sue opere, che conta circa novanta dipinti (a seconda dell’accettazione o del rifiuto di una o due attribuzioni). Molto importanti sono anche le opere del Museo di altri artisti fiamminghi del XVII secolo come Jan Brueghel il Vecchio (1568-1625), Jordaens (1593-1678) e Van Dyck (1599-1641).
La collezione del Prado di pittura rinascimentale tedesca è piccola ma di alta qualità. Include quattro importanti dipinti di Dürer (1471-1528), tra cui un autoritratto, e due importanti scene di caccia di Lucas Cranach il Vecchio (1472-1553).
Anche la collezione del Museo di pittura olandese del XVII secolo è piccola, a causa della guerra tra la monarchia spagnola e le province settentrionali dei Paesi Bassi nel periodo in cui le collezioni reali furono principalmente assemblate. Tuttavia, il Prado possiede un importante dipinto di Rembrandt, Giuditta al banchetto di Oloferne, e un notevole gruppo di paesaggi di Jan Both (1618/22-1652) e Herman van Swanevelt (1603/4-1655), due artisti olandesi che lavorarono a Roma.