Negli ultimi anni, numerose persone LGBT sono state assassinate e alcuni hanno dato la colpa di questi atti ai politici e alla comunità religiosa.
Il corpo smembrato di Jorge Steven López Mercado, studente universitario di 19 anni, è stato scoperto il 14 novembre 2009 a Cayey, una città situata nella regione interna dell’isola. López era molto conosciuto come volontario per organizzazioni che sostenevano i diritti dei gay e la prevenzione dell’HIV, e gli attivisti hanno pianificato veglie di commemorazione per lui in città come San Juan, Chicago e New York. Secondo la polizia locale, è sotto inchiesta come possibile crimine d’odio, secondo la legge federale sui crimini d’odio recentemente approvata negli Stati Uniti, che include i crimini contro le persone che sono (o percepite come) gay o transgender. Juan A. Martinez Matos è stato arrestato pochi giorni dopo la scoperta del corpo di López Mercado. Il 12 maggio 2010, Martinez Matos si è dichiarato colpevole ed è stato condannato a 99 anni di prigione per l’omicidio di López Mercado.
Il 19 aprile 2010, il corpo di Ashley Santiago, una donna transgender che risiedeva nella città di Corozal è stato scoperto nella cucina della sua casa. Santiago, stilista in un salone locale, è stata trovata nuda sul pavimento ed è stata pugnalata 14 volte da un assalitore sconosciuto.
Il 13 settembre 2010, i corpi di Justo Luis “Michelle” Gonzalez e Miguel Orlando “La Flaca” Soto, due transessuali sono stati trovati assassinati lungo una strada nella piccola città di Juana Diaz. Con queste due morti, gli attivisti LGBT dell’isola hanno dichiarato che nove persone gay e transessuali sono state uccise negli ultimi 10 mesi sull’isola, e le autorità locali non hanno risposto adeguatamente a questi crimini. Nell’ottobre 2012, Malena Suarez, una donna transgender che viveva in Carolina, è stata trovata morta nella sua casa in seguito a pugnalate multiple. La sua morte ha segnato il 30° omicidio anti-LGBT a Porto Rico in un decennio.