Marion Sinclair è morta nel 1988, quindi la canzone è ancora sotto copyright, secondo la legge australiana sul copyright. I diritti di pubblicazione sono detenuti dalla Larrikin Music. Negli Stati Uniti, i diritti sono amministrati dalla Music Sales Corporation di New York City.
Nel giugno 2009, la Larrikin Music citò in giudizio la band Men at Work per violazione del copyright, sostenendo che parte del riff di flauto del singolo del 1981 della band “Down Under” era copiato da “Kookaburra”. Questa azione seguiva un episodio di Spicks and Specks in cui questo uso era la base di una domanda del panel. I legali dell’etichetta discografica e della casa editrice della band (Sony BMG Music Entertainment e EMI Songs Australia) hanno sostenuto che, in base all’accordo in base al quale la canzone era stata scritta, il copyright era in realtà detenuto dalla Girl Guides Association. Il 30 luglio 2009, il giudice Peter Jacobson della Corte Federale d’Australia ha emesso una sentenza preliminare secondo la quale Larrikin possedeva il copyright sulla canzone, ma la questione se gli autori Colin Hay e Ron Strykert avessero o meno plagiato il riff sarebbe stata determinata in una data successiva. Il 4 febbraio 2010, il giudice Jacobson emise la sentenza che i Men at Work avevano violato i diritti d’autore della Larrikin, e che entrambe le registrazioni presentate alla corte “… riproducono una parte sostanziale di Kookaburra”. Larrikin ha successivamente presentato una petizione alla corte per ricevere tra il 40 e il 60 per cento delle royalties della canzone retrodatate al 1981, ma il 6 luglio 2010 il giudice Jacobson ha assegnato alla società il 5 per cento delle royalties retrodatate al 2002, una somma ritenuta a sei cifre.
Il 31 marzo 2011 un appello della casa discografica EMI è stato respinto dai giudici Arthur Emmett, Jayne Jagot e John Nicholas, che hanno concluso che c’era stata una violazione del copyright del brano “Kookaburra Sits in the Old Gum Tree”. Uno degli autori della band, Colin Hay, ha detto in seguito che il risultato è stato deludente e che avrebbero considerato la loro posizione dopo aver rivisto la sentenza più da vicino. Nell’ottobre 2011 la band ha perso l’ultimo tentativo in tribunale quando l’Alta Corte d’Australia ha rifiutato di ascoltare un appello.