Nel 1995 FACTNet finì sui giornali a causa di una causa legale riguardante il sequestro dei server e dei file di FACTNet da parte del Religious Technology Center (RTC), una sotto-organizzazione della Chiesa di Scientology creata per supervisionare la protezione dei suoi marchi e diritti d’autore. Nell’agosto 1995 gli avvocati del RTC si sono rivolti ad un giudice di Denver accusando la violazione del copyright e l’uso illegale di documenti di Scientology da parte di FACTNet, un critico vocale delle pratiche dell’organizzazione. Il 21 agosto 1995 fu condotta un’incursione nelle case di due direttori da parte di due U.S. Marshal e sei rappresentanti di RTC, con la ricerca effettiva di documenti incriminanti condotta solo da RTC. I testimoni delle perquisizioni hanno testimoniato che i marshal hanno permesso ai rappresentanti di RTC di andare ben oltre lo scopo dell’ordine nella loro ricerca di informazioni. I marshal hanno anche omesso di perquisire i rappresentanti prima o dopo la perquisizione, rendendo possibile per loro portare via dischi e altri documenti contenenti informazioni critiche. FACTNet ha immediatamente accusato la Chiesa di Scientology di tentare di mettere a tacere la loro voce rubando e contaminando informazioni vitali per i loro continui attacchi e cause contro la Chiesa. Le incursioni hanno provocato un dibattito sia su internet che nell’ambiente universitario, con manifestanti universitari a Denver, Colorado, che tenevano cartelli con scritto: “Giù le mani da Internet” e “Scientology molesta i critici”, mentre i controprotesisti al palazzo di giustizia della contea di Boulder portavano cartelli come: “Solo i criminali diffondono l’illegalità su Internet”
FACTNet intentò una causa e il 14 settembre 1995 un giudice federale dichiarò il sequestro illegale perché violava il diritto di FACTNet alla libertà di parola su Internet, e ordinò a RTC di restituire tutti i computer e i file sequestrati. Nella sua sentenza alla Corte Distrettuale degli Stati Uniti, il giudice John Kane ha dichiarato: “L’interesse pubblico è meglio servito dal libero scambio di idee”. Tuttavia, FACTNet afferma di aver subito un danno irreparabile, poiché la segretezza dei suoi documenti era stata violata dalla RTC. Un avvocato della Electronic Frontier Foundation ha approvato la decisione del giudice in materia, affermando: “Non hanno certamente il diritto di sequestrare tutto e di pescare in giro. Sembra che ci sia questo pensiero che le cose che sono contenute in un computer non siano soggette alle stesse protezioni. Penso che la legge si stia mettendo in pari”. Helena K. Kobrin, un avvocato della Chiesa di Scientology dello studio Moxon & Kobrin, ha difeso i sequestri dei computer, dicendo dopo la decisione del giudice: “La decisione di ieri è stata un giorno molto triste per i proprietari di proprietà intellettuale e un giorno molto triste per Internet”
In una serie di casi, Scientology (attraverso la sussidiaria Bridge Publications) ha citato in giudizio FACTNet per presunte violazioni di copyright. Nel 1998 il giudice federale John Kane negò la richiesta di giudizio sommario di Scientology perché FACTNet contestava la proprietà di Scientology dei diritti d’autore dei documenti. Nel 1999 è stato raggiunto un accordo, i cui termini erano che se FACTNet fosse mai stata ritenuta colpevole di violazioni dei diritti d’autore della chiesa, avrebbe dovuto pagare alla chiesa un milione di dollari in modo permanente.
FACTNet ha mantenuto un profilo relativamente basso dal 1999, citata occasionalmente per parlare contro argomenti che considera importanti. Il film Battlefield Earth del 2000 con John Travolta ha suscitato polemiche perché era basato su un libro di L. R. Hubbard, il fondatore della Chiesa di Scientology, e Travolta era un noto scientologist. Il Guardian ha riportato le affermazioni di FACTnet che il film era un’opera di proselitismo per Scientology, notando che: “FACTnet ha suggerito che i messaggi subliminali erano stati astutamente inseriti dagli scientologisti per conquistare nuovi convertiti ad aderire alla chiesa”. I creatori del film affermarono che non aveva nulla a che fare con la Chiesa di Scientology, ma il New York Times riportò le affermazioni di FACTnet che: “…il film è stato segretamente finanziato da Scientology, e che Scientology pianifica sforzi di reclutamento in coincidenza con l’uscita del film”. Il professore di sociologia James Richardson non è d’accordo con le affermazioni di FACTnet, affermando che: “Dubito seriamente che qualcuno esca e si unisca a Scientology solo perché ha visto questo film”. Nel 2002, dopo che Lawrence Wollersheim vinse una sentenza di 8,7 milioni di dollari contro la Chiesa di Scientology, FACTnet pubblicò una sua dichiarazione sul sito, citando: “La setta che aveva giurato che non mi avrebbe mai pagato un solo centesimo ha ora pagato oltre 86 milioni di centesimi”. FACTNet si è espressa a sostegno di un episodio dello show televisivo South Park, premiando il proprio staff come “Persona/e FACTNet dell’anno per il 2005” per l’episodio satirico su Scientology, “Trapped in the Closet”. Nel 2006 il direttore di FACTnet Wollersheim è stato consultato per il servizio di 48 Hours sulla morte della scientologa Elli Perkins, “Scientology – Una questione di fede”. Wollersheim è stato citato nel pezzo, affermando che: “Scientology. Sono il peggior esempio di controllo mentale in un ambiente religioso che sia mai esistito”. Il programma ha anche notato che la Chiesa di Scientology lo caratterizza come un “bugiardo e un impostore”, e afferma che la maggior parte dei suoi membri vive una vita felice e soddisfacente.