L’ammonificazione è il processo con cui l’azoto organicamente legato della biomassa microbica, vegetale e animale viene riciclato dopo la loro morte. L’ammonificazione è effettuata da una vasta gamma di microrganismi che svolgono servizi di decadimento ecologico, e il suo prodotto è l’ammoniaca o ione ammonio. L’ammonio è una fonte adatta di nutrimento per molte specie di piante, specialmente quelle che vivono in terreni acidi. Tuttavia, la maggior parte delle piante non possono utilizzare efficacemente l’ammonio e richiedono il nitrato come fonte essenziale di nutrizione azotata.
Il nitrato è sintetizzato dall’ammonio da un importante processo batterico noto come nitrificazione. Il primo passo della nitrificazione è l’ossidazione dell’ammonio a nitrito (NO- 2 ), una funzione svolta dai batteri del genere Nitrosomonas. Una volta formato, il nitrito è rapidamente ossidato ulteriormente a nitrato, da batteri del genere Nitrobacter. I batteri responsabili della nitrificazione sono molto sensibili all’acidità, quindi questo processo non si verifica a tassi significativi in terreni o acque acide. Questo è il motivo per cui le piante degli habitat acidi devono essere in grado di utilizzare l’ammonio come fonte di nutrizione azotata.