Traktátus XXII. Jánoshoz
Ockham Avignonban újra találkozott Lutterell Jánossal; XXII. János pápához címzett traktátusában az egykori oxfordi kancellár elítélte Ockham tanítását a mondákról, 56 olyan tételt vonva ki belőle, amelyekről kimutatta, hogy súlyos tévedésben vannak. Lutterell ezután tagja lett egy hat teológusból álló bizottságnak, amely két egymást követő jelentést készített Ockham kommentárjának kivonatai alapján, amelyek közül a második szigorúbb kritikát fogalmazott meg. Ockham azonban bemutatta a pápának az Ordinatio egy másik példányát, amelyben néhány javítást végzett. Úgy tűnt, hogy tanítása miatt el fogják ítélni, de az ítéletre nem került sor.
A zárdában, ahol Avignonban tartózkodott, Ockham találkozott a bergamói Bonagratiával, a polgári és egyházjog doktorával, akit XXII. jánossal szemben a ferences szegénység problémájában tanúsított ellenállása miatt üldöztek. 1327. december 1-jén Cesenai Mihály ferences generális is Avignonba érkezett, és ugyanebben a kolostorban szállt meg; őt is beidézte a pápa a birtoklás körüli vitával kapcsolatban. Azon az elméleti problémán vitatkoztak, hogy vajon Krisztus és apostolai birtokolták-e az általuk használt javakat; vagyis lemondtak-e minden (magán- és testületi) tulajdonról, a tulajdonjogról és a tulajdon használatának jogáról. Mihály azt állította, hogy mivel Krisztus és apostolai lemondtak minden tulajdonjogról és minden tulajdonhoz való jogról, a ferencesek joggal próbálkozhatnak ugyanezzel.
A viszony János és Mihály között folyamatosan romlott, olyannyira, hogy 1328. május 26-án Mihály Bonagratia és Vilmos kíséretében elmenekült Avignonból. Ockham, aki már tanúja volt a Mihály által április 13-án titokban megfogalmazott fellebbezésnek, szeptemberben nyilvánosan támogatta a fellebbezést Pisában, ahol a három ferences IV. bajor Lajos császár védelme alatt tartózkodott, akit 1324-ben kiátkoztak, és akiről XXII. János kimondta, hogy elvesztette minden jogát a birodalomhoz. Ők 1330-ban Münchenbe követték őt, és ezután Ockham buzgón írt a pápaság ellen, hogy megvédje mind a szegénység szigorú ferences felfogását, mind a birodalmat.
1328-ban általános elöljárója utasította, hogy tanulmányozzon három pápai bullát a szegénységről, és Ockham úgy találta, hogy azok számos olyan hibát tartalmaznak, amelyek XXII. Jánosról kimutatták, hogy eretnek, aki eretneksége miatt elvesztette mandátumát. Az álpápai státuszát Ockham szerint 1330-31-ben megerősítették azok a prédikációi, amelyekben azt javasolta, hogy az üdvözültek lelkei nem közvetlenül a halál után élvezik Isten látását, hanem csak azután, hogy az utolsó ítéletkor újra egyesülnek a testtel; ez a vélemény ellentmondott a hagyománynak, és végül elutasították.
Fő vitája mindazonáltal továbbra is a szegénység kérdése maradt, amely szerinte annyira fontos a vallási tökéletesség szempontjából, hogy egy elmélet fegyelmét követelte meg: aki Szent Ferenc evangéliumi szabálya szerint akar élni, az Krisztus nyomdokaiba lép, aki Isten és ezért a világmindenség királya, de aki szegény emberként jelent meg, lemondva a tulajdonjogról, alávetve magát a világi hatalomnak, és csak a rá ruházott hit által kíván uralkodni e földön. Ez az uralom egy olyan egyház formájában fejeződik ki, amely szervezett, de nincs tévedhetetlen tekintélye – sem egy pápa, sem egy zsinat részéről -, és amely lényegében a hívek közössége, amely évszázadokon át fennmaradt és biztosan fennmarad még több évszázadon át, még akkor is, ha átmenetileg kevesekre vagy akár egy főre redukálódik; mindenkinek, tekintet nélkül státuszára vagy nemére, az egyházban kell megvédenie a mindenkinek közös hitet.
Ockham számára a pápa hatalmát a keresztények szabadsága korlátozza, amelyet az evangélium és a természetjog alapoz meg. Ezért legitim és az evangéliummal összhangban van, ha a birodalom oldalára állunk a pápasággal szemben, vagy ha – ahogy Ockham tette 1339-ben – megvédjük az angol király jogát az egyházi javak megadóztatására. 1330 és 1338 között, e vita hevében Ockham 15 vagy 16 többé-kevésbé politikai művet írt; némelyikük együttműködésben készült, de a legterjedelmesebb Opus nonaginta dierum (“90 napos mű”) egyedül íródott.