A vallási hovatartozás Nigériában erősen összefügg az etnikai hovatartozással, és az etnikai csoportok között meglehetősen markáns regionális felosztás van. Az északi államok, ahol a hausza és fulani csoportok dominálnak, túlnyomórészt muszlimok, míg a déli etnikai csoportokban nagy számban élnek keresztények. Délnyugaton nincs uralkodó vallás. A yoruba törzs, amely a délnyugati részek többségi etnikai csoportja, gyakorolja a kereszténységet, a muszlim vallást és/vagy a hagyományos yoruba vallást, amelynek középpontjában az egy legfőbb istenben és több kisebb istenségben való hit áll.
Az általános statisztikák szerint a lakosság mintegy 50%-a muzulmán, a többség a szunnita ágat gyakorolja. Körülbelül 40% keresztény, és körülbelül 10% gyakorolja a hagyományos afrikai vallásokat, vagy egyáltalán nem vallásos. Sokan
a hagyományos hiedelmek elemeit is beépítik a kereszténység vagy az iszlám saját gyakorlatába. A keresztény közösséget római katolikusok (a legnagyobb felekezet), metodisták, anglikánok, baptisták, presbiteriánusok, valamint evangélikus és pünkösdi csoportok tagjai alkotják.
Bár az alkotmány megtiltja az állami és helyi önkormányzatoknak, hogy hivatalos vallást nyilvánítsanak, számos állam a közelmúltban elfogadta a saría néven ismert iszlám büntető- és polgári jog különböző formáit, ami sok keresztény szerint az iszlám de facto vallásként való elfogadását jelenti. Az alkotmány is rendelkezik a vallásszabadságról, azonban néhány állam közbiztonsági okokból korlátozta a vallási tüntetéseket, körmeneteket vagy gyűléseket. Üzlettulajdonosok és köztisztviselők közismerten diszkriminálnak a saját hitüktől eltérő vallású személyeket a szolgáltatások nyújtása és a felvételi gyakorlat terén. Ugyanilyen típusú megkülönböztetés létezik a különböző etnikai csoportok tagjai között is. Bizonyos keresztény és muzulmán ünnepeket hivatalosan is megtartanak.
A keresztények és a muszlimok között nagyfokú feszültség van, és mindkét csoport ellen erőszakos cselekményeket követnek el. A konfliktusok azonban elsősorban etnikai és regionális különbségekből eredhetnek, mivel számos jelentés szól az azonos vallású különböző etnikai csoportok közötti erőszakról.