Madagaszkárt körülbelül 2000 évvel ezelőtt telepítették le először emberek. Madagaszkár telepesei vagy indonézek, vagy vegyes indonéz/afrikai származású emberek voltak. Az arab kereskedők Kr. u. 800-900 körül érkeztek a helyszínre, amikor a kereskedők elkezdtek kereskedni az északi partok mentén.
Az első ismert európai, aki látta Madagaszkárt, egy portugál tengeri kapitány, Diogo Dias volt, aki 1500. augusztus 10-én vette észre a szigetet, miután útban Indiába letért az útvonaláról. A szigetet Szent Lőrincnek nevezte el. Később, az 1500-as években a portugálok, a franciák, a hollandok és az angolok mind megpróbáltak kereskedelmi településeket létesíteni Madagaszkáron. Mindegyikük kudarcot vallott az ellenséges körülmények és a helyi madagaszkári harcosok heves harcai miatt.
Az európaiak először az 1600-as évek végén vetették meg lábukat Madagaszkáron, amikor kalózok uralták a sziget keleti partvidékét. Ezek a kalózok Madagaszkárt támaszpontként használták az Indiából Európába árut szállító hajók megtámadására. Az 1700-as években a franciák megpróbáltak katonai állásokat létesíteni a keleti partvidéken, de ismét kudarcot vallottak. A 19. század elejére az egyetlen település, amelyre a franciák igényt tarthattak, Sainte Marie szigete volt.
Eközben az 1700-as években a nyugati partvidék Sakalavái létrehozták Madagaszkár első királyságát. 1810-ben riválisaik, a merinák királyságot alapítottak a sziget többi részének nagy része felett. Királyuk, I. Radama kapcsolatokat létesített a britekkel, és megnyitotta az országot az angol misszionáriusok előtt, akik elterjesztették a kereszténységet az egész szigeten, és átírták a madagaszkári nyelvet írott nyelvvé. Radama uralkodása alatt egy miniatűr ipari forradalom hozta el az ipart a szigetre. Radama halála után özvegye, I. Ranavalona követte őt, aki 33 éven át terrorizálta az országot a keresztények üldözésével, a külföldiek kiűzésével, politikai riválisok kivégzésével és a szerencsétlen napokon született csecsemők megölésének szokásának újjáélesztésével. Halála után helyreállt a kapcsolat Európával.
1883-ban Franciaország megszállta Madagaszkárt, és 1896-ra uralmat szerzett a sziget felett, amely francia gyarmattá vált. Franciaország Madagaszkárt faanyag és egzotikus fűszerek, például vanília beszerzésére használta. A madagaszkáriaknak két nagyobb felkelése volt a franciák ellen, 1918-ban és 1947-ben, de az ország csak 1960. június 26-án nyerte el függetlenségét.
1975-ben Didier Ratsiraka vette át az ország irányítását. Diktátorként uralkodott Madagaszkáron, amíg 1991-ben gazdasági összeomlás közepette meg nem buktatták. Röviddel ezután visszaszerezte az elnöki tisztséget, és egészen addig uralkodott, amíg 2001-ben el nem veszített egy vitatott választást. Az új elnök, Marc Ravalomanana azt ígérte, hogy demokráciát hoz az országba. Ravalomanana, aki az utcán, a kerékpárja hátuljáról árulta a joghurtot, üzleti birodalmat épített ki, és Madagaszkár leggazdagabb embere lett. 2005-ben még mindig ő az elnök, és a gazdaság folyamatosan javul.
