Az elmúlt években számos LMBT-embert meggyilkoltak, és egyesek a politikusokat és a vallási közösséget okolják ezekért a tettekért.
Jorge Steven López Mercado 19 éves egyetemista feldarabolt holttestét 2009. november 14-én találták meg a sziget belső részén fekvő Cayey városában. López széles körben ismert volt a melegek jogaiért és a HIV megelőzéséért küzdő szervezetek önkénteseként, és aktivisták megemlékezéseket terveztek róla többek között San Juan, Chicago és New York városaiban. A helyi rendőrség szerint az esetet gyűlölet-bűncselekményként vizsgálják, az újonnan elfogadott amerikai szövetségi gyűlölet-bűncselekményekről szóló törvény értelmében, amely a melegek vagy transzneműek elleni (vagy annak vélt) bűncselekményekre is kiterjed. Juan A. Martinez Matost néhány nappal López Mercado holttestének felfedezése után tartóztatták le. Martinez Matos 2010. május 12-én bűnösnek vallotta magát, és 99 év börtönbüntetésre ítélték López Mercado meggyilkolásáért.
2010. április 19-én Corozal városában lakó Ashley Santiago transznemű nő holttestét találták meg otthona konyhájában. Santiagót, aki egy helyi szalon stylistja volt, meztelenül találták a padlón, és egy ismeretlen támadó 14 késszúrást ejtett rajta.
2010. szeptember 13-án Justo Luis “Michelle” Gonzalez és Miguel Orlando “La Flaca” Soto, két transzszexuális nő holttestét meggyilkolva találták meg egy út mentén Juana Diaz kisvárosban. Ezzel a két halálesettel a sziget LMBT-aktivistái kijelentették, hogy az elmúlt 10 hónapban kilenc meleg és transzszexuális embert öltek meg a szigeten, és a helyi hatóságok nem reagáltak megfelelően ezekre a bűncselekményekre. 2012 októberében Malena Suarezt, egy Carolinában élő transznemű nőt holtan találták otthonában, több késszúrás következtében. Az ő halála volt a 30. LMBT-ellenes gyilkosság Puerto Ricóban egy évtizeden belül.