A János titkos kinyilatkoztatásának jelenleg négy példánya maradt fenn. Ezek alapvető szerkezetüket és tartalmukat tekintve nagyrészt megegyeznek. Az egyik figyelemre méltó különbség a kódexek között az egyes kódexek hossza. A Berlini kódex és a Nag Hammadi III. kódex rövidebb, mint a Nag Hammadi I. és II. kódex. A kódexek közötti másik eltérés a Megváltó/Krisztus alakjának ábrázolása. A Berlini Kódex általában gyakrabban használja a “Krisztus” kifejezést, míg a Nag Hammadi Kódex III. elbeszélése gyakran az “Úr” vagy a “Megváltó” kifejezést helyettesíti. A Nag Hammadi III. kódex azonban a “Jézus Krisztus, ámen” imával zárja a szövegét. A szövegek keresztény keretezésével kapcsolatban további különbség, hogy a Nag Hammadi Kódex III részletesebben foglalkozik a Krisztus/ Megváltó alakjának a Demiurgosz börtönvilágába való leszállásával és az emberiség újjáébredésének és felszabadulásának elősegítésében játszott szerepével. Ezek a különbségek bizonyos fokú eltérést jelenthetnek abban, ahogyan a gnosztikus kozmológiát keresztény kontextusba szőtték.
Az Apokrifon alábbi összefoglalása Wisse fordításából származik.
A szöveg azzal kezdődik, hogy János leírja saját gyászos és zavarodott állapotát Krisztus keresztre feszítése után. A Megváltó ezután megjelenik, különböző alakokat ölt, és miután elűzte János félelmeit, a következő kozmológiai elbeszélést adja elő.
A legmagasabb isteni elv a Monád. A Monádot úgy írják le, mint “monarchiát, amely fölött nincs semmi”. Ő a legfelsőbb, abszolút, örökkévaló, végtelen, tökéletes, szent és önellátó. Ugyanakkor transzcendens kimondhatatlanságát is hangsúlyozzák. Ő nem számszerűsíthető, és tulajdonságait sem lehet valaha is igazán leírni. A Monád felfoghatatlan tökéletességben létezik.
A Monád a gondolatából egy női isteni entitást vagy princípiumot hoz létre, amelyet Barbelónak neveznek. Őt úgy írják le, mint “az első gondolatot”, és a Monád “képmását”. Bár Barbelóra mindig “ő”-ként hivatkoznak, úgy is leírják, mint az ősanyát és az ősapát. “Az első ember”-nek is tekintik, és különböző androgün kifejezésekkel írják le. Ő az első a lények egy osztályának, az úgynevezett eonoknak az első tagja, és az ő és a Monád közötti csere hozza létre a többi eont. Ezenkívül a Fény és az Elme tulajdonságai a Monád Barbelo tükörképéből születnek. A Fény a Krisztus szinonimája, más néven “Krisztus az Autogén”. A Fény és az Elme további teremtő tevékenységet folytat, amelyet a Barbelo és a Monád felsőbbrendű elvei segítenek és dicsőítenek. Együtt további eónokat és hatalmakat hoznak létre.
Az egyik Aeon, Sophia “az Epinoia”, végül megzavarja e folyamatok harmóniáját azzal, hogy a Monád Szellemének részvétele vagy beleegyezése nélkül és egy férfi társ segítsége nélkül alkotó tevékenységbe kezd. Gondolatainak teremtő ereje egy Yaltabaoth nevű entitást hoz létre, aki az első az Archonoknak nevezett, befejezetlen, démoni entitások sorában. Yaltabaoth, akinek jelleme rosszindulatú és arrogáns, groteszk alakja is van. Feje egy oroszláné, míg teste kígyószerű. Sophia felismerve utódja torz, tökéletlen természetét, megpróbálja elrejteni valahová, ahol a többi Aeon nem fedezi fel. A Yaltabaoth elrejtésének az is az eredménye, hogy maga Yaltabaoth is tudatlan marad a felső világról és a többi Aeonról.
Az a tény ellenére, hogy Yaltabaoth csak egyetlen szülővel rendelkezik, és a Monád Szellemének beleegyezése nélkül jött létre, elég erős ahhoz, hogy utánozza a felsőbb Aeonok teremtési folyamatait. Más arkhónok egész seregét hozza létre, akik mindegyike osztozik az ő alapvetően hiányos jellemében, és világot teremt számukra, hogy lakják őket. Ez a világ alapvetően alacsonyabb rendű, mint a fenti világ. Sötétségből van kialakítva, de a Sophiától ellopott fény élteti. Az eredmény egy olyan világ, amely sem nem “világos, sem nem sötét”, hanem inkább “homályos”. Gőgjében és tudatlanságában Yaltabaoth e birodalom egyedüli és féltékeny Istenének nyilvánítja magát.
Felismerve Yaltabaoth és hamisított világának tökéletlenségét, Sophia megbánást tanúsít. Tévedését megbocsátva, a Monád Szelleme segíti a többi Aeont és hatalmat abban a kísérletben, hogy megváltsa Sophiát és fattyú teremtését. E folyamat során Yaltabaoth és arkhónjai meghallják a Monád Szellemének hangját. Bár a hangtól megrémülnek, annak visszhangja nyomot hagy a Szellem képmásának a birodalmuk tetejét alkotó “vizeken”. Abban a reményben, hogy ezt az erőt a maguk számára hasznosíthatják, megpróbálják megalkotni ennek a képnek a másolatát. Ennek a folyamatnak a végeredménye az első ember, Ádám.
Felismerve a lehetőséget, hogy visszaszerezzék a Yaltabaoth és világának sötétségében bebörtönzött fényt, Sophia és a magasabb rendűek ügynökei, akiket különbözőképpen “plenoria”-nak vagy “Epinoia”-nak, később pedig “pleroma”-nak neveznek, kidolgoznak egy tervet. Rászedik Yaltabaothotot, hogy a saját szellemi esszenciáját fújja Ádámba. Ez egyidejűleg megeleveníti Ádámot és kiüríti Yaltabaothot lényének a Szophiából származó részétől.
Az immár megelevenedett Ádám fényességét, intelligenciáját és általános felsőbbrendűségét látva Yaltabaoth és az arkhónok megbánják teremtésüket, és mindent megtesznek, hogy bebörtönözzék vagy megszabaduljanak tőle. Mivel ez nem sikerül, megpróbálják semlegesíteni őt azzal, hogy az Édenkertben helyezik el. Ebben az elbeszélésben az Édenkert egy hamis paradicsom, ahol a fák gyümölcse a bűn, a bujaság, a tudatlanság, a bezártság és a halál. Miközben Ádámnak hozzáférést biztosítanak az Élet fájához, elrejtik a Jó és a Gonosz Tudásának fáját. Az elbeszélés szerint a Tudás Fája valójában a magasabb világ és az Epinoia pozitív erőinek behatolását jelenti Jaltabaoth birodalmába.
Az elbeszélésnek ezen a pontján Krisztus kinyilatkoztatja Jánosnak, hogy ő volt az, aki miatt Ádám elfogyasztotta a Tudás Fájának gyümölcsét. Továbbá kiderül, hogy Éva egy segítő, akit a magasabb rendűek ügynökei küldtek, hogy segítsen kiszabadítani a Yaltabaoth teremtésében és Ádámban bebörtönzött fényt. Akkor jön létre, amikor Yaltabaoth megpróbálja kiszedni a fényt Ádámból. Ennek eredményeképpen jön létre a női test. Amikor Ádám érzékeli a nőt, saját lényének tükörképét látja, és megszabadul Yaltabaoth megbabonázó hatalma alól.
Az elbeszélés ezután részletezi Yaltabaoth kísérleteit, hogy visszaszerezze az uralmat a Fény lényege felett. Elsődleges terve az emberi szaporodás tevékenységének beindítása, amellyel új emberi testeket remél létrehozni, amelyekben egy hamisított szellem lakik. Ez a hamis szellem lehetővé teszi Yaltabaoth és ügynökei számára, hogy megtévesszék az emberi fajt, tudatlanságban tartva őket a valódi természetükről, és ez az elsődleges eszköz, amellyel Yaltabaoth az emberiséget leigázva tartja. Ez minden földi gonoszság és zűrzavar forrása, és azt okozza, hogy az emberek meghalnak, “nem találva meg az igazságot, és nem ismerve az igazság Istenét”.
Ezt a kinyilatkoztatást követően az elbeszélés ezután a János és a Megváltó közötti kérdések és válaszok sorozatának formáját ölti. Ezek számos témát érintenek, de nagyrészt szoteriológiai jellegűek. János megkérdezi Krisztustól, hogy kik jogosultak az üdvösségre, mire Krisztus azt a választ adja, hogy azok, akik kapcsolatba kerülnek az igaz Szellemmel, üdvösséget kapnak, míg azok, akiket a hamis szellem ural, kárhozatra jutnak. Krisztus ebben az összefüggésben a saját szerepét is feltárja, mint a magasabb birodalom felszabadítója. Krisztus, aki önmagát “a Pronoia emlékezeteként” és “a pleroma emlékezeteként” írja le, fényt hoz Jaltabaoth börtönének sötétségébe. Itt ébreszti fel a foglyokat az éberségre és az emlékezésre. Azok, akiket Krisztus kinyilatkoztatása befogad és felébreszt, felemelkednek és “öt pecséttel lepecsételnek… a víz fényében”. Így megmenekülnek a haláltól és a kárhozattól. Krisztus szerepének ezt az aspektusát a Nag Hammadi III. kódex részletesebben kifejti, míg a Berlini kódexből kimaradt.
Ezzel zárul Krisztus üzenete. Végül a Megváltó kijelenti, hogy bárki, aki személyes haszonszerzés céljából osztja meg ezeket a kinyilatkoztatásokat, átkozott lesz. A szöveg Nag Hammadi Codex III-as változata a következő imával zárul: “Jézus Krisztus, Ámen”.