A flamand festészet kifejezés a 15-17. századtól a mai Belgium területével nagyjából egybeeső régióban készült alkotásokra utal. A 15. században kezdtek ott festményeket készíteni, amelyek a részletek realizmusa és a felületek csillogása miatt, amelyet az olajfesték újszerű használatával értek el, Európa-szerte rabul ejtették a művészetkedvelőket. Mivel a 15. század végétől Spanyolország és a régi Németalföld a Habsburg-dinasztia közös uralma alatt állt, a spanyol uralkodók előnyös helyzetben voltak ahhoz, hogy gyűjtsenek festményeket ebből a régióból. Ennek eredményeként a Museo del Prado rendelkezik a flamand festészet egyik legjobb és legnagyobb, közel 1000 művet számláló gyűjteményével.
A 15. századi festészeti gyűjteményen belül kiemelkedik Rogier van der Weyden (1399-1464 körül) A keresztről való leszállás című műve, amely az európai művészettörténet egyik nagy kanonikus alkotása. Szintén jól szerepel a Pradóban Robert Campin (1375-1444 körül), Hans Memling (1465 és 1494 között tevékenykedett), valamint a 16. század elején Gerard David (1460-1523 körül) és Jan Gossaert (1478-1532 körül).).
Hieronmyous Bosch, akit Spanyolországban El Bosco néven ismernek, egyike azoknak a festőknek, akik leginkább lenyűgözik a modern múzeumlátogatókat a festményein látható figyelemre méltó fantasztikus világ és az emberi viselkedést bíráló szatirikus hangnem miatt. Néhány évtizeddel a művész halála után II. Fülöp lett műveinek legfőbb gyűjtője, ami megmagyarázza, miért a Museo del Prado rendelkezik a világ legjobb és legnagyobb gyűjteményével.
A 16. és 17. században Antwerpen Európa egyik legfontosabb művészeti központjává vált. Versengő művészeti piacáról emelkedtek ki az első ismert tájképek, amelyeket Joachim Patinir (1480-1524 körül) festett, és a Prado négy legfontosabb művét őrzi. Szintén a 16. században tevékenykedett a nagyszerű idősebb Pieter Brueghel (1552/30-1569), aki megalkotta a gyönyörű és hátborzongató Halál diadalát, valamint A Szent Márton-napi bor című művét, amely a múzeum egyik legfontosabb szerzeménye az elmúlt évtizedekben.
A 17. századi flamand festészet nagy alakja Rubens (1577-1640), aki Európa leghíresebb művészévé vált, és nagy spanyol pártfogójának, IV. Fülöpnek is kedvenc festője volt. Rubens érzéki és fenséges műveket alkotott, amelyeket az antik művészet ihletett. A Museo del Prado rendelkezik műveinek legnagyobb gyűjteményével, amely mintegy kilencven festményt számlál (egy-két attribúció elfogadásától vagy elutasításától függően). Szintén rendkívül fontosak a múzeum más 17. századi flamand művészek, például idősebb Jan Brueghel (1568-1625), Jordaens (1593-1678) és Van Dyck (1599-1641) művei.
A Prado német reneszánsz festészeti gyűjteménye kicsi, de magas színvonalú. Tartalmazza Dürer (1471-1528) négy fontos festményét, köztük egy önarcképet, és az idősebb Lucas Cranach (1472-1553) két fontos vadászjelenetét.
A múzeum 17. századi holland festészetből álló állománya szintén kicsi, a spanyol monarchia és az északi kisalföldi tartományok közötti háború miatt abban az időben, amikor a királyi gyűjteményeket alapvetően összeállították. Ennek ellenére a Prado rendelkezik Rembrandt egy fontos festményével, a Judit Holofernész lakomáján cíművel, valamint Jan Both (1618/22-1652) és Herman van Swanevelt (1603/4-1655), két Rómában dolgozó holland művész figyelemre méltó tájképcsoportjával.
A Prado rendelkezik egy fontos festménnyel, a Judit Holofernész lakomáján cíművel.