1995-ben a FACTNet a FACTNet szervereinek és fájljainak a Religious Technology Center (RTC) – a Szcientológia Egyház egyik alszervezete, amelyet a védjegyek és szerzői jogok védelmének felügyeletére hoztak létre – általi lefoglalásával kapcsolatos per miatt került be a hírekbe. 1995 augusztusában az RTC ügyvédei egy denveri bíróhoz fordultak a szerzői jogok megsértése és a szcientológiai dokumentumok illegális felhasználása miatt a FACTNet, a szervezet gyakorlatának hangos kritikusa által. 1995. augusztus 21-én két amerikai rendőrbíró és hat RTC-képviselő két igazgató otthonában tartottak házkutatást, a tényleges keresést a terhelő dokumentumok után egyedül az RTC végezte. A házkutatások tanúi azt vallották, hogy a rendőrbírók megengedték az RTC képviselőinek, hogy az információk keresése során messze túllépjék a parancsban foglaltakat. A rendőrbírók azt is elmulasztották, hogy a képviselőket a házkutatás előtt vagy után átkutassák, lehetővé téve számukra, hogy kritikus információkat tartalmazó lemezeket és egyéb dokumentumokat vigyenek magukkal. A FACTNet azonnal megvádolta a Szcientológia Egyházat, hogy megpróbálja elhallgattatni a hangját azáltal, hogy ellopja és beszennyezi az egyház elleni folyamatos támadásokhoz és perekhez nélkülözhetetlen információkat. A razziák vitát váltottak ki mind az interneten, mind az egyetemi környezetben: a Colorado állambeli Denverben egyetemi tüntetők olyan táblákat tartottak a kezükben, amelyeken ez állt: “El a kezekkel az internettől” és “A Szcientológia zaklatja a kritikusokat”, míg a Boulder megyei bíróságon ellentüntetők olyan táblákat tartottak, mint például: “A Szcientológia zaklatja a kritikusokat”: “Csak a bűnözők terjesztenek törvénytelenséget az interneten.”
A FACTNet pert indított, és 1995. szeptember 14-én egy szövetségi bíró a lefoglalást törvénytelennek ítélte, mivel az sértette a FACTNet szabad véleménynyilvánításhoz való jogát az interneten, és kötelezte az RTC-t, hogy adja vissza az összes lefoglalt számítógépet és fájlt. Az Egyesült Államok Kerületi Bíróságán hozott ítéletében John Kane bíró kijelentette: “A közérdeket leginkább az eszmék szabad cseréje szolgálja”. A FACTNet mindazonáltal azt állítja, hogy helyrehozhatatlan kár érte, mivel az RTC megsértette dokumentumainak titkosságát. Az Electronic Frontier Foundation ügyvédje helyeselte a bíró döntését az ügyben, és kijelentette: “Biztosan nincs joguk mindent lefoglalni és halászni. Úgy tűnik, van ez a gondolat, hogy a számítógépen tárolt dolgokra nem vonatkozik ugyanaz a védelem. Úgy gondolom, hogy a jog kezd felzárkózni”. Helena K. Kobrin, a Szcientológia Egyház ügyvédje a Moxon & Kobrin cégtől megvédte a számítógépek lefoglalását, és a bíró döntése után azt mondta: “A tegnapi döntés nagyon szomorú nap a szellemi tulajdonjogok tulajdonosai számára, és nagyon szomorú nap az internet számára.”
A Szcientológia (a Bridge Publications leányvállalatán keresztül) egy sor ügyben beperelte a FACTNet-et a szerzői jogok állítólagos megsértése miatt. 1998-ban John Kane szövetségi bíró elutasította a Scientology gyorsított eljárásra irányuló kérelmét, mivel a FACTNet vitatta, hogy a dokumentumok szerzői jogai a Scientology tulajdonában vannak. Később, 1999-ben egyezség született, amelynek feltétele az volt, hogy ha a FACTNet-et valaha is bűnösnek találják az egyház szerzői jogainak megsértésében, akkor tartósan kötelezik, hogy fizessenek az egyháznak 1 millió dollárt.
A FACTNet 1999 óta viszonylag kevéssé szerepel a hírekben, időnként idézik, amikor az általuk fontosnak tartott témák ellen szólal fel. A John Travolta főszereplésével készült 2000-es Battlefield Earth című film azért keltett vitát, mert a film L. R. Hubbard, a Szcientológiai Egyház alapítójának könyvén alapult, Travolta pedig ismert szcientológus volt. A The Guardian beszámolt a FACTnet állításairól, miszerint a film a szcientológia prozelitizmusát szolgálja, és megjegyezte: “A FACTnet azt sugallta, hogy a szcientológusok alattomos üzeneteket illesztettek be a filmbe, hogy új megtérőket nyerjenek meg az egyházhoz való csatlakozásra”. A film készítői azt állították, hogy a filmnek semmi köze a szcientológiai egyházhoz, de a The New York Times a FACTnet állításairól így számolt be: “…a filmet titokban a szcientológia finanszírozta, és hogy a szcientológia a film bemutatásával egy időben toborzási tevékenységet tervez.” James Richardson szociológiaprofesszor nem értett egyet a FACTnet állításaival, kijelentve, hogy: “Komolyan kétlem, hogy valaki elmegy és csatlakozik a Szcientológiához csak azért, mert megnézi ezt a filmet”. 2002-ben, miután Lawrence Wollersheim 8,7 millió dolláros ítéletet nyert a Szcientológia Egyház ellen, a FACTnet egy nyilatkozatot tett közzé tőle az oldalon, idézve: “A szekta, amely megesküdött, hogy soha nem fog nekem egy fillért sem fizetni, mostanra több mint 86 millió fillért fizetett ki.” A FACTNet kiállt a South Park című tévéműsor egyik epizódja mellett, és munkatársait a “2005-ös év FACTNet személye(i)” díjjal tüntette ki a szcientológiáról szóló szatirikus epizódért, a “Trapped in the Closet”-ért. 2006-ban a FACTnet igazgatójával, Wollersheimmel konzultáltak a szcientológus Elli Perkins haláláról szóló, “Scientology – A hit kérdése” című 48 Hours-történethez. A riportban idézték Wollersheimet, aki a következőket nyilatkozta: “Szcientológia. Ők a valaha létezett legrosszabb példája az agykontrollnak vallási környezetben”. A műsor azt is megjegyezte, hogy a Szcientológia Egyház “hazugnak és csalónak” jellemzi őt, és azt állítja, hogy a legtöbb tagjuk boldog és kiteljesedett életet él.