San Diego PadresSzerkesztés
Lee-t az 1993-as MLB draft első körében (a 14. helyen) draftolta a San Diego Padres, és 1997. április 28-án debütált az MLB-ben.
Florida MarlinsSzerkesztés
Egy évvel később Kevin Brownért cserélték a Florida Marlinshoz, Lee tagja volt a 2003-as World Series Marlins bajnokcsapatnak. Lee a 2003-as bajnoki szezonban nyerte el első Aranykesztyűjét, és látványos fogása és asszisztálás nélküli kiütése Hideki Matsui egy keményen eltalált egyirányú ütésénél elfojtotta a Yankees rallyt, és a Marlins győzelmével ért véget a World Series 5. mérkőzése. A Marlins a 6. mérkőzésen megnyerte a World Series-t.
Chicago CubsSzerkesztés
Lee-t elcserélték a Cubshoz Hee-seop Choiért. A Cubsnál töltött első évében 32 hazafutással és 98 RBI-vel .278 pontot ért el. 2005-ben Lee a szezon első felében karrierje első felét produkálta, az MLB-t vezető .376-os ütésátlaggal, 72 RBI-vel, és 27 hazafutással holtversenyben vezette a major league-t.
A Cubs a 2005-ös szezon előtt elcserélte a szupersztár Sammy Sosát, aki korábban az egyik legjobb ütőjük volt. Lee már korán megmutatta, hogy bőven képes kompenzálni a veszteséget, és míg Sosa csalódást keltő 2005-ös szezont produkált a Baltimore Oriolesnál, Lee karrierévet zárt. A szezon közepére az MLB minden egyes tripla korona kategóriában – ütésátlag, hazafutások és RBI-ek – az élen állt. Lee 2005. augusztus 28-án ütötte meg pályafutása 200. hazafutását a Florida Marlins kezdőjátékosa, Josh Beckett ellen. Az évet pályafutása legjobb 46 hazafutásával zárta. A .335-ös ütésátlaga a legmagasabb volt egy Cubtól Bill Madlock 1976-os .339-es ütésátlaga óta, és Bill Buckner 1980-as éve óta ő volt az első Cub, aki megnyerte a National League ütőbajnoki címét. Emellett harmadik lett az NL MVP szavazáson, és abban az évben megnyerte az NL Gold Glove és Silver Slugger díjat is.
Lee-t beválasztották az USA játékoskeretébe a 2006-os World Baseball Classic-on, ahol ő volt az első játékos, aki hazafutást ért el az USA csapatában a World Baseball Classic-on.
2006. április 10-én Lee ötéves, 65 millió dolláros hosszabbítást írt alá a Chicago Cubs-szal. A szerződés a 2006-os szezonra szóló szerződését váltotta fel, és a 2010-es szezonig meghosszabbította őt a Cubs első bázisembereként, és tartalmazott egy no-trade záradékot. Kevesebb mint két héttel később eltörte a csuklóját, egy ütközés során, amelyben az alapember Rafael Furcal ütközött, és a sérülés miatt 59 mérkőzést hagyott ki. A Cubs 19-40-es rekordot ért el Lee eltiltása alatt. Később Lee ismét a rokkantlistára került, mivel a csukló középső oldalának külső csontjában poszttraumás gyulladás lépett fel.
2008-ban Lee 20 hazafutást, 90 RBI-t és .291-es ütésátlagot, miközben a Cubs a National League legjobb alapszakasz-eredményét érte el, és a Cubsot az NL Central bajnokságba vezette, majd később az NLDS-ben 3-0-ra kikapott a Los Angeles Dodgers-től. 2009-ben Lee május 29-től június 24-ig tartó 21 meccses ütéssorozatával legyőzte a lassú kezdést, és kilencedik lett az NL MVP-szavazáson, mivel .306-os ütésátlaga volt, és 35 hazafutást és 111 RBI-t ütött.
2010. június 9-én Lee a Milwaukee Brewers elleni mérkőzésen elérte pályafutása 300. hazafutását.
2010. június 25-én Lee vitába keveredett a Cubs dobójával, Carlos Zambranóval, miután a dobó négy futást adott le az első inningben, és nyilvánvalóan Lee-t hibáztatta, amiért nem tudott bemérni egy élesben ütött lead-off duplát. Zambranót viselkedése miatt felfüggesztették.
Atlanta BravesSzerkesztés
2010. július végén Lee a tízes és ötös jogával vétózta meg a Los Angeles Angelshez történő cserét. 2010. augusztus 18-án Lee-t, az ő jóváhagyásával, elcserélték az Atlanta Braveshez a kisebb ligás dobójelöltekért, Robinson Lopezért, Tyrelle Harrisért és Jeffrey Lorickért. Lee 2010. augusztus 20-án kezdte meg a Braves kezdő első alapembereként a szolgálatot, beleértve az NLDS utáni szezonban való játékot is.
Baltimore OriolesSzerkesztés
Lee-t szabadügynöki szerződésből egyéves szerződést kötött a Baltimore Orioles-szal a 2011-es szezonra. A nehéz helyzetben lévő Oriolesban 85 mérkőzésen lépett pályára, ahol 0,246 pontot ért el 12 hazafutással és 41 szerzett futással.
Pittsburgh PiratesSzerkesztés
2011. július 30-án Lee-t elcserélték a Pirateshez a kisebb ligás A osztályú első baseman Aaron Bakerért és készpénzért. Lee két hazafutást ütött első meccsén a Pirates színeiben. Augusztus 3-án megütötte egy dobás, és eltört egy csont a bal csuklójában, és a következő hónap nagy részét kihagyta, de aztán produktívan fejezte be a szezont a Pittsburgh első basemanjeként. Lee 2011-ben Kalózként 28 mérkőzésen játszott, és 7 hazafutással és 18 RBI-vel .337 pontot ért el.