1 Bevezetés
Clonorchis sinensis, Opisthorchis felineus és Opisthorchis viverrini (platyhelminthes törzs; osztály Trematoda; Opisthorchiidae család) fontos, élelmiszerből származó májférgek, amelyek világszerte ~ 24 millió embert fertőznek meg, és több mint 349 737 fogyatékossággal korrigált életévvel járó globális terhet okoznak (Furst et al., 2012). A C. sinensis széles körben elterjedt májférgeként legalább 15 millió embert fertőz meg elsősorban Kínában, Vietnamban, Koreában és az orosz Távol-Keleten (Furst et al., 2012; Qian et al., 2016).
A C. sinensis fertőzés klonorchiasist okoz, amely egy elhanyagolt trópusi betegség (Qian et al., 2016). A C. sinensis fertőzés gyakran vezet krónikus hepatobiliáris betegségekhez, például májfibrózishoz, és kolangiókarcinómát (CCA), az epeúti rendszer rosszindulatú daganatát idézheti elő. Ezért a C. sinensis-t a Nemzetközi Rákkutató Ügynökség I. osztályú rákkeltő anyagnak minősítette (Choi et al., 2004, 2011; Grosse et al., 2009).
Mostanáig nem áll rendelkezésre vakcina a klonorchiasis megelőzésére, és az emberek nem rendelkeznek rezisztenciával az újrafertőződéssel szemben (Qian et al., 2016). Az egyetlen ajánlott gyógyszer, a praziquantel (PZQ) ismételt alkalmazása növeli az atka gyógyszerrezisztencia kialakulásának kockázatát (WHO, 2013). A klonorchiasis jobb ellenőrzése érdekében a parazita biológiájával és epidemiológiájával kapcsolatos kutatásokat folytattak, és a diagnózisra és a kezelésre összpontosítottak. A C. sinensis molekuláris biológiájának mélyreható megértése ma már lehetséges, amit a nagy áteresztőképességű szekvenálási technológiák segítségével előállított új transzkriptomikai és genomikai források használata támaszt alá (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011; Yoo et al., 2011; Young et al., 2010). A Kínából származó C. sinensis genomja alapot nyújt e májhernyó molekuláris útvonalainak és folyamatainak feltárásához. A C. sinensis genomja például a gazdaszervezet lipidjeinek metabolizálásához szükséges gének teljes komplementerét kódolja, de nem tartalmaz a kanonikus zsírsav-bioszintézishez kapcsolódó géneket (Huang és mtsai., 2013; Wang és mtsai., 2011). Ezenkívül ez a genom nagyszámú kiválasztó-szekréciós fehérjét (ESP) kódol, amelyek közül soknak feltételezhetően szerepe van a gazdatest-parazita kölcsönhatásokban. Nincsenek azonban részletes információk a biológiailag releváns gének/géntermékek funkcióiról vagy a C. sinensis különböző földrajzi izolátumai közötti genetikai variáció szintjéről.
A feltételezések szerint a C. sinensis egyetlen nukleáris genomja elegendő a faj összes, földrajzilag különböző izolátumának reprezentálására (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011). A C. sinensis és a rokon opisthorchiidák, az O. viverrini (vö. Petney et al., 2013) kariotípusos variációjának bizonyítékai azonban kiemelik a C. sinensis földrajzilag különböző izolátumai genetikájának tanulmányozásának és összehasonlításának fontosságát. A kiválasztott genetikai lókuszok korábbi vizsgálatai arra utalnak, hogy e parazita variációját több tényező, például az életciklus, az éghajlati változások és a környezeti alkalmazkodás befolyásolta (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012, 2013). Úgy tűnik például, hogy a C. sinensisben a mitokondriális cox1 gén alacsony nukleotid- és magas haplotípusos variációja a jégkorszak utáni gyors populációterjedéssel függ össze (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012). Egy ilyen következtetés azonban mélyreható populációgenetikai vizsgálatokat igényel.
Most már lehetséges ilyen vizsgálatokat végezni teljes genomszinten, nagy áteresztőképességű szekvenálási technológiák és fejlett bioinformatika segítségével. Az ilyen kutatások lehetővé tennék a C. sinensis-populációk genetikai struktúráinak és alstruktúráinak, valamint a fertőzésben és/vagy adaptív folyamatokban szerepet játszó gének/géntermékek variációjának feltárását. E fejezet célja a C. sinensis/klonorchiasis biológiájának, epidemiológiájának, patogenezisének, diagnózisának és ellenőrzésének hátterének bemutatása; a C. sinensis genetikájával, molekuláris biológiájával és genomikájával kapcsolatos jelenlegi ismeretek kritikus áttekintése; valamint az új szekvenálási technológiák, valamint a genomikai eszközök és erőforrások kiemelése, amelyek most már felhasználhatók e fontos parazita jövőbeli genetikai vizsgálataihoz.