Az Unió csapatai hivatalosan is elfoglalják New Orleans-t, befejezve a négy nappal korábban megkezdett megszállást.
A létfontosságú déli város elfoglalása hatalmas csapás volt a Konföderáció számára. A déli katonai stratégák nem a Mexikói-öböl felől, hanem a Mississippin lefelé irányuló uniós támadást terveztek. 1862 elején a Konföderációsok Mississippi északi részén és Tennessee nyugati részén összpontosították erőiket, hogy elhárítsák a jenki inváziót. E csapatok közül sokan április 6-án és 7-én a Tennessee állambeli Shilohnál harcoltak. Nyolc lázadó ágyúnaszádot küldtek fel a nagy folyón, hogy Memphis fölött megállítsanak egy uniós flottillát, így csak 3000 milícia, két befejezetlen vaságyú és néhány gőzhajó maradt New Orleans védelmére. Az Unió számára a legimpozánsabb akadályt két erőd, a Jackson és a St. Phillip jelentette. Április 24-én az éjszaka közepén David Farragut admirális egy 24 ágyúnaszádból, 19 aknavetőből és 15 000 katonából álló flottát vezetett egy merész futamban az erődök mellett.
Most a folyó New Orleans felé nyitott volt, kivéve a szedett-vedett konföderációs flottát. A hatalmas uniós armada egyenesen keresztülszántott, nyolc hajót elsüllyesztve. New Orleansnál Mansfield Lovell konföderációs tábornok felmérte aprócska haderejét, és rájött, hogy az ellenállás hiábavaló. Ha ellenáll, mondta Lovell John Monroe polgármesternek, Farragut bombázni fogja a várost, és súlyos károkat és veszteségeket fog okozni. Lovell kivonta csapatait New Orleansból, és a jenkik április 25-én kezdtek megérkezni. A csapatok addig nem szállhattak partra, amíg a Jackson- és a St. Phillip-erődöt nem biztosították. Április 29-én megadták magukat, és most már New Orleansnak nem volt védelme. A tömegek átkozták a jenkiket, amikor a városban az összes konföderációs zászlót leengedték, és csillagokat és csíkokat húztak fel a helyükre.
A Konföderáció elvesztett egy nagyvárost, és a Mississippi alsó folyása hamarosan az Unió országútjává vált 400 mérföldön át a Mississippi állambeli Vicksburgig.