A fertőzésekre való nagyfokú fogékonyság miatt az antibiotikumok a leggyakrabban alkalmazott gyógyszerek az újszülötteknél. Az antibiotikum-használat eredményét azonban erősen befolyásolhatja az újszülött sajátos fiziológiája, amelyet a méhen belüli és a méhen kívüli élet közötti kényes alkalmazkodási folyamat jellemez. További fontos tényezők, amelyek befolyásolhatják az antibiotikum-terápiát, a gesztációs kor, a születési súly, a méhen belüli növekedési korlátozottság, a kronológiai életkor és különösen a vese- és májfunkció éretlensége. Az adagolásnak, az adagolás időzítésének és a beadás módjának ezért gondosan figyelembe kell vennie a biológiai hozzáférhetőség, a megoszlás, a metabolizmus, a biotranszformáció és a kiválasztás újszülöttkori változékonyságát. Az adagolás és a terápia időtartamának finom beállítását a farmakokinetikai és farmakodinamikai paraméterek alapján kell elvégezni. A szepszis etiológiájának jelentős eltérései ellenére a szisztémás fertőzés gyanújának legjobb kezdeti empirikus terápiája még mindig, mint néhány évvel ezelőtt, az ampicillin és a gentamicin társítása. Más nagyon hatékony és hasznos antibiotikumokat, mint a cefalosporinokat, karbanepemeket vagy glikopeptideket megfontoltan kell csecsemőknek adni, a korlátozott használatra vonatkozó ajánlásokat követve, a maximális hatékonyság és a minimális toxicitás elérése érdekében. Végül, sajátos tulajdonságaik miatt a makrolid antibiotikumokat a közelmúltban az antibakteriális aktivitástól eltérő indikációkra javasolták. Az orális eritromicin alkalmazása koraszülöttek gasztrointesztinális diszmotilitásának kezelésére közel 50%-kal csökkentheti a parenteralis táplálással összefüggő kolestázis előfordulását, míg az azitromicint kombinált antibiotikus és gyulladáscsökkentő hatása miatt egy kísérleti tanulmányban sikeresen alkalmazták rendkívül alacsony születési súllyal született csecsemőknél a bronchopulmonális diszplázia megelőzésére.