Az ammóniumképződés az a folyamat, amelynek során a mikrobiális, növényi és állati biomassza szerves kötésű nitrogénje haláluk után újrahasznosul. Az ammonifikációt az ökológiai lebontási szolgáltatásokat végző mikroorganizmusok változatos skálája végzi, terméke pedig az ammónia vagy ammóniumion. Az ammónium számos növényfaj számára megfelelő táplálékforrás, különösen a savanyú talajokban élők számára. A legtöbb növény azonban nem tudja hatékonyan hasznosítani az ammóniumot, és nitrátra van szükségük, mint alapvető nitrogén-táplálékforrásra.
A nitrátot az ammóniumból egy fontos bakteriális folyamat, a nitrifikáció szintetizálja. A nitrifikáció első lépése az ammónium nitritté (NO- 2 ) oxidációja, amelyet a Nitrosomonas nemzetségbe tartozó baktériumok végeznek. A nitritet a Nitrobacter nemzetségbe tartozó baktériumok gyorsan tovább oxidálják nitráttá. A nitrifikációért felelős baktériumok nagyon érzékenyek a savasságra, ezért ez a folyamat savas talajban vagy vízben nem játszódik le jelentős mértékben. Ez az oka annak, hogy a savas élőhelyek növényeinek képesnek kell lenniük az ammónium hasznosítására nitrogén-táplálékforrásként.