Madagaskar byl poprvé osídlen lidmi asi před 2000 lety. Osadníci Madagaskaru byli buď Indonésané, nebo lidé smíšeného indonésko-afrického původu. Arabští obchodníci přišli na scénu kolem roku 800-900 n. l., kdy obchodníci začali obchodovat podél severního pobřeží.
Prvním známým Evropanem, který spatřil Madagaskar, byl portugalský námořní kapitán Diogo Dias, který spatřil ostrov 10. srpna 1500 poté, co byl na cestě do Indie odkloněn od kurzu. Ostrov pojmenoval Svatý Vavřinec. Později v roce 1500 se Portugalci, Francouzi, Nizozemci a Angličané pokoušeli založit na Madagaskaru obchodní osady. Všechny neuspěly kvůli nepřátelským podmínkám a krutým bojům místních madagaskarských válečníků.
Evropané se na Madagaskaru poprvé uchytili koncem 16. století, kdy východní pobřeží ostrova ovládli piráti. Tito piráti využívali Madagaskar jako základnu pro přepadávání lodí přivážejících zboží z Indie zpět do Evropy. V roce 1700 se Francouzi pokusili vybudovat na východním pobřeží vojenské pozice, ale opět neuspěli. Na počátku 19. století byla jedinou osadou, na kterou si Francouzi mohli činit nárok, ostrov Svatá Marie.
Mezitím, během roku 1700, založili Sakalavové na západním pobřeží první madagaskarské království. V roce 1810 jejich rivalové, Merinové, založili království na většině zbytku ostrova. Jejich král Radama I. navázal vztahy s Brity a otevřel zemi anglickým misionářům, kteří po celém ostrově šířili křesťanství a přepsali malgaštinu do spisovného jazyka. Za Radamovy vlády přinesla miniaturní průmyslová revoluce na ostrov průmysl. Po Radamově smrti nastoupila na trůn jeho vdova Ranavalona I., která 33 let terorizovala zemi pronásledováním křesťanů, vystěhováváním cizinců, popravami politických rivalů a obnovením zvyku zabíjet děti narozené ve smolné dny. Po její smrti byly vztahy s Evropou obnoveny.
V roce 1883 vtrhla Francie na Madagaskar a v roce 1896 nastolila vládu nad ostrovem, který se stal francouzskou kolonií. Francie využívala Madagaskar jako zdroj dřeva a exotického koření, například vanilky. V letech 1918 a 1947 proběhla dvě velká povstání Malgašů proti Francouzům, ale země získala nezávislost až 26. června 1960.
V roce 1975 se vlády nad zemí ujal Didier Ratsiraka. Vládl Madagaskaru jako diktátor až do svého svržení v roce 1991 uprostřed hospodářského kolapsu. Krátce poté se znovu ujal prezidentského úřadu a vládl až do prohraných sporných voleb v roce 2001. Nový prezident Marc Ravalomanana slíbil, že v zemi nastolí demokracii. Ravalomanana začal prodávat jogurty na ulici na kole, vybudoval obchodní impérium a stal se nejbohatším mužem Madagaskaru. Od roku 2005 je stále prezidentem a ekonomika se stále zlepšuje.
