V roce 1995 se síť FACTNet objevila ve zprávách kvůli žalobě týkající se zabavení serverů a souborů sítě FACTNet Náboženským technologickým centrem (RTC), dílčí organizací scientologické církve, která byla vytvořena za účelem dohledu nad ochranou jejích ochranných známek a autorských práv. V srpnu 1995 se právníci RTC obrátili na denverského soudce s obviněním z porušení autorských práv a nezákonného používání scientologických dokumentů společností FACTNet, která je hlasitým kritikem praktik této organizace. Dne 21. srpna 1995 proběhla razie v domech dvou ředitelů, kterou provedli dva američtí šerifové a šest zástupců RTC, přičemž samotné hledání usvědčujících dokumentů prováděla RTC sama. Svědci těchto prohlídek vypověděli, že maršálové umožnili zástupcům RTC při vyhledávání informací jít daleko za rámec příkazu. Šerifové také neprovedli prohlídku zástupců před nebo po prohlídce, což jim umožnilo odnést disky a další dokumenty obsahující důležité informace. FACTNet okamžitě obvinil scientologickou církev, že se pokouší umlčet jejich hlas tím, že krade a kontaminuje informace důležité pro pokračující útoky a žaloby proti církvi. Zátahy vyvolaly debatu na internetu i v univerzitním prostředí, přičemž protestující na univerzitě v Denveru ve státě Colorado drželi v rukou nápisy: „Ruce pryč od internetu“ a „Scientologie obtěžuje kritiky“, zatímco protiprotestující u okresního soudu v Boulderu nesli nápisy jako např: „
FACTNet podal žalobu a 14. září 1995 federální soudce rozhodl, že zabavení je nezákonné, protože porušuje právo FACTNet na svobodu projevu na internetu, a nařídil RTC vrátit všechny zabavené počítače a soubory. Soudce John Kane ve svém rozhodnutí u okresního soudu Spojených států uvedl: „Veřejnému zájmu nejlépe slouží svobodná výměna myšlenek.“ Společnost FACTNet nicméně uvádí, že jí vznikla nenapravitelná škoda, neboť RTC porušila utajení jejích dokumentů. Právní zástupce Electronic Frontier Foundation rozhodnutí soudce v této věci schválil a uvedl: „Rozhodně nemají právo všechno zabavit a lovit v tom. Zdá se, že panuje názor, že věci, které jsou obsaženy v počítači, nepodléhají stejné ochraně. Myslím, že právo to dohání.“ Helena K. Kobrinová, právnička scientologické církve z firmy Moxon & Kobrin, zabavení počítačů obhajovala a po rozhodnutí soudce řekla: „
V řadě případů scientologie (prostřednictvím dceřiné společnosti Bridge Publications) zažalovala společnost FACTNet za údajné porušení autorských práv. V roce 1998 federální soudce John Kane zamítl žádost společnosti Scientology o zkrácené řízení, protože společnost FACTNet zpochybnila vlastnictví autorských práv k dokumentům společností Scientology. Později bylo v roce 1999 uzavřeno vyrovnání, jehož podmínkou bylo, že pokud bude společnost FACTNet někdy shledána vinnou z porušování autorských práv církve, bude jí trvale uloženo zaplatit církvi 1 milion dolarů.
FACTNet si od roku 1999 udržuje relativně nízký zpravodajský profil, příležitostně je citována za vystupování proti tématům, která považuje za důležitá. Film Bojiště Země z roku 2000 s Johnem Travoltou v hlavní roli vyvolal kontroverzi, protože byl natočen podle knihy L. R. Hubbarda, zakladatele scientologické církve, a Travolta byl známým scientologem. Deník Guardian informoval o tvrzení FACTnetu, že film je proselytismem scientologie, a poznamenal: „FACTnet naznačil, že podprahová sdělení byla rafinovaně vložena scientology, aby získali nové konvertity pro vstup do církve.“ Tvůrci filmu tvrdili, že film nemá nic společného se scientologickou církví, ale deník The New York Times o tvrzeních FACTnetu informoval: „…film byl tajně financován scientologií a že scientologie plánuje náborové akce v době uvedení filmu do kin“. Profesor sociologie James Richardson s tvrzeními FACTnetu nesouhlasil a prohlásil: „: „Vážně pochybuji, že někdo půjde a přidá se ke scientologii jen proto, že uvidí tento film.“ V roce 2002, poté, co Lawrence Wollersheim vyhrál rozsudek proti scientologické církvi ve výši 8,7 milionu dolarů, zveřejnil FACTnet na svých stránkách jeho prohlášení, z něhož citujeme: „Sekta, která přísahala, že mi nikdy nezaplatí ani desetník, mi nyní zaplatila více než 86 milionů desetníků.“ FACTNet se vyjádřil na podporu jedné epizody televizního pořadu South Park a udělil svým zaměstnancům ocenění „FACTNet Person(s) of the Year for 2005“ za satirickou epizodu o scientologii „Trapped in the Closet“. V roce 2006 byl ředitel FACTnetu Wollersheim konzultován pro reportáž 48 hodin o smrti scientoložky Elli Perkinsové „Scientologie – otázka víry“. Wollersheim byl v tomto článku citován a prohlásil: „Scientologická věda: „Scientologie. Je to nejhorší příklad ovládání mysli v náboženském prostředí, jaký kdy existoval“. V pořadu bylo také uvedeno, že scientologická církev ho charakterizuje jako „lháře a podvodníka“, a tvrdí, že většina jejích členů žije šťastným a spokojeným životem.