El complejo en sí tiene importantes partes naturales y arquitectónicas, que tienen sus propios significados e historias, entre ellas:
Las Torres:
Se llaman Muyuccmarca, Paucarmarca, Sallaqmarca y están situadas en la cima de los baluartes (muros en zigzag).En tiempos de los incas eran torres dispuestas en linea recta en la cima del cerro; este lugar tenia mucha agua, hoy en dia aun podemos ver parte de los acueductos.
Muyucmarca proviene del idioma quechua: «Muyuq» significa redondo, «Marca»= población. En sus bases redescubiertas se aprecia una figura circular que tiene 3 círculos concéntricos, todos ellos insertados en un cuadrado de lados desiguales
Paucarmarca:el lado sur de Sayaqmarca, está cubierto de tierra, posiblemente tenga forma cuadrada, etimológicamente «Pauca «significa: vivo, bello, alegre, jardín y «Marca» población. Se cree que estuvo dedicada a los astros
Sallaqmarca:Ubicada junto a Muyuccmarca, etimológicamente «Sallaq» significa: áspero, rocoso, «Marca» significa: población.Actualmente sólo existen los cimientos de las torres, las construcciones fueron destruidas en los primeros tiempos de la colonia,sus cimientos cubiertos de tierra, y posteriormente localizados y recuperados por el Dr. Luis E. Valcárcel.
Grupo de recintos:
Llaman «Baluartes» a las 3 plataformas que forman un diente-tipo de entrantes y salientes formados por muros de bloques de piedra caliza, impresionantes poliedros irregulares ensamblados a la perfección. Los primeros constructores españoles atribuyeron la edificación a los demonios, incluso hoy en día dicen que los extraterrestres son los que hicieron esta obra. Estas defensas son consideradas una maravilla en todo el mundo.
Los Baluartes:
Llaman «Baluartes» a las 3 plataformas que forman una dentadura de entrantes y salientes formados por muros de bloques de piedra caliza, impresionantes poliedros irregulares ensamblados a la perfección. Los primeros constructores españoles atribuyeron la edificación a los demonios, incluso hoy en día dicen que los extraterrestres son los que hicieron esta obra. Estas defensas son consideradas una maravilla a nivel mundial.
Las Puertas:
Situadas en el centro de los baluartes, de forma trapezoidal, servían de entrada a la zona de las torres. Las tres puertas a las que se hace referencia son: T’iopunku, Ajawanapunku, Wiracochapunku.
Deslizamiento o Suchuna:
Geológicamente es una formación natural de diorita, de origen volcánico, que emergió modulando en su superficie alabeos y surcos a modo de deslizamientos.
El Trono del Inca o K’usillucJink’ian:
Estas palabras pueden traducirse como «donde sube el mono». Es una sucesión de asientos tallados en la roca con un profundo sentido estético; se encuentra en la porción oriental del cerro.
Chincanas
Hay 2, la más pequeña, junto a Warmi K’acchana es de corta longitud y se ha convertido en una distracción para los visitantes. La grande está más al norte, bajo una gran roca caliza. El paso a la Chicana grande no está permitido por ningún motivo, ya que los que entraron no han regresado. Según el geólogo Dr. Carlos Kalafatovich, estos túneles, llamados Chincanas, son el resultado de la erosión del agua subterránea que circulaba por las cuevas. Sin embargo, cronistas como Guaman Poman de Ayala, el Inca Garcilaso de la Vega, entre otros, coinciden en que la gran chincana es un túnel secreto con varias conexiones a diferentes partes del Tahuantinsuyo. La historia dice que un grupo de aventureros se equipó e ingresó a esta Chincana; nada se supo de ellos durante meses hasta que un día uno de ellos se presentó en el templo de Santo Domingo, que antes era Qorikancha, sosteniendo en su mano una mazorca de maíz hecha de oro macizo. Se dice que durante las guerras, los incas no podían dejar de adorar a sus dioses; por eso, a través de estos accesos subterráneos iban al Qorikancha para asistir a las ceremonias y entregar las ofrendas a sus deidades.