En 1995 FACTNet apareció en las noticias debido a una demanda relativa a la incautación de los servidores y archivos de FACTNet por parte del Centro de Tecnología Religiosa (RTC), una suborganización de la Iglesia de la Cienciología creada para supervisar la protección de sus marcas y derechos de autor. En agosto de 1995, los abogados del RTC acudieron a un juez de Denver alegando la infracción de los derechos de autor y el uso ilegal de documentos de la Cienciología por parte de FACTNet, una organización muy crítica con las prácticas de la organización. El 21 de agosto de 1995, dos alguaciles de EE.UU. y seis representantes de RTC llevaron a cabo una redada en los domicilios de dos directores, y el registro de los documentos incriminatorios fue realizado únicamente por RTC. Los testigos de los registros declararon que los alguaciles permitieron a los representantes de la RTC ir mucho más allá del alcance de la orden en su búsqueda de información. Los alguaciles tampoco registraron a los representantes antes o después del registro, lo que les permitió llevarse discos y otros documentos que contenían información crítica. FACTNet acusó inmediatamente a la Iglesia de la Cienciología de intentar silenciar su voz robando y contaminando información vital para sus continuos ataques y demandas contra la Iglesia. Las redadas provocaron un debate tanto en Internet como en el ámbito universitario, con manifestantes universitarios en Denver, Colorado, que portaban pancartas en las que se podía leer: «Manos fuera de Internet» y «La Cienciología acosa a los críticos», mientras que los contramanifestantes en el juzgado del condado de Boulder llevaban carteles como: «Sólo los criminales difunden la anarquía en Internet».
FACTNet presentó una demanda, y el 14 de septiembre de 1995, un juez federal dictaminó que la incautación era ilegal porque violaba el derecho de FACTNet a la libertad de expresión en Internet, y ordenó a la RTC que devolviera todos los ordenadores y archivos incautados. En su sentencia en el Tribunal de Distrito de los Estados Unidos, el juez John Kane declaró: «El interés público está mejor servido por el libre intercambio de ideas». Sin embargo, FACTNet afirma que ha sufrido un daño irreparable, ya que el secreto de sus documentos ha sido violado por el RTC. Un abogado de la Electronic Frontier Foundation aprobó la decisión del juez en este asunto, declarando: «Ciertamente no tienen derecho a embargar todo y a pescar por ahí. Parece que se piensa que las cosas que están contenidas en un ordenador no están sujetas a las mismas protecciones. Creo que la ley se está poniendo al día». Helena K. Kobrin, una abogada de la Iglesia de la Cienciología del bufete Moxon & Kobrin, defendió las incautaciones de los ordenadores, diciendo tras la decisión del juez: «La decisión de ayer fue un día muy triste para los propietarios de la propiedad intelectual y un día muy triste para Internet»
En una serie de casos, la Cienciología (a través de la filial Bridge Publications) demandó a FACTNet por supuestas violaciones de los derechos de autor. En 1998, el juez federal John Kane denegó la solicitud de juicio sumario de la Cienciología porque FACTNet impugnaba la propiedad de la Cienciología sobre los derechos de autor de los documentos. Más tarde, en 1999, se llegó a un acuerdo cuyos términos eran que si FACTNet era declarada alguna vez culpable de violaciones de los derechos de autor de la Iglesia, se le imponía de forma permanente la obligación de pagar a la Iglesia un millón de dólares.
FACTNet ha mantenido un perfil noticioso relativamente bajo desde 1999, siendo citada ocasionalmente por manifestarse en contra de temas que consideran importantes. La película del año 2000 Battlefield Earth, protagonizada por John Travolta, suscitó polémica porque estaba basada en un libro de L. R. Hubbard, el fundador de la Iglesia de la Cienciología, y Travolta era un conocido cienciólogo. The Guardian informó sobre las afirmaciones de FACTnet de que la película era una pieza de proselitismo para la Cienciología, señalando: «FACTnet sugirió que los mensajes subliminales habían sido insertados astutamente por los cienciólogos para ganar nuevos conversos que se unieran a la iglesia». Los realizadores de la película afirmaron que no tenía nada que ver con la Iglesia de la Cienciología, pero The New York Times informó sobre las afirmaciones de FACTnet de que: «…la película fue financiada en secreto por la Cienciología, y que la Cienciología planea esfuerzos de reclutamiento para coincidir con el estreno de la película». El profesor de sociología James Richardson no estuvo de acuerdo con las afirmaciones de FACTnet, declarando: «Dudo mucho que alguien vaya a salir y unirse a la Cienciología sólo por ver esta película». En 2002, después de que Lawrence Wollersheim ganara una sentencia de 8,7 millones de dólares contra la Iglesia de la Cienciología, FACTnet publicó una declaración suya en el sitio, citando: «La secta que juró que nunca me pagaría ni un solo céntimo ha pagado ahora más de 86 millones de céntimos». FACTNet se pronunció en apoyo de un episodio del programa de televisión South Park, premiando a su personal como «Persona(s) FACTNet del año 2005» por el episodio satírico sobre la Cienciología, «Atrapado en el armario». En 2006, el director de FACTnet, Wollersheim, fue consultado para el reportaje de 48 Hours sobre la muerte de la ciencióloga Elli Perkins, «Scientology – A Question of Faith». Wollersheim fue citado en la pieza, declarando: «Cienciología. Son el peor ejemplo de control mental en un entorno religioso que jamás haya existido». El programa también señalaba que la Iglesia de la Cienciología lo caracteriza como un «mentiroso y un fraude», y afirma que la mayoría de sus miembros llevan una vida feliz y plena.