La afiliación religiosa en Nigeria está fuertemente relacionada con la etnia, con divisiones regionales bastante marcadas entre los grupos étnicos. Los estados del norte, dominados por los grupos hausa y fulani, son predominantemente musulmanes, mientras que los grupos étnicos del sur cuentan con un gran número de cristianos. En el suroeste no hay una religión predominante. La tribu yoruba, que es el grupo étnico mayoritario en el suroeste, practica el cristianismo, el musulmán y/o la religión tradicional yoruba, que se centra en la creencia en un dios supremo y varias deidades menores.
Las estadísticas globales indican que alrededor del 50% de la población es musulmana, con una mayoría que practica la rama suní de la fe. Alrededor del 40% son cristianos y cerca del 10% practican religiones africanas tradicionales o no practican ninguna religión. Muchas personas
incluyen elementos de las creencias tradicionales en su propia práctica del cristianismo o del Islam. La comunidad cristiana está compuesta por católicos romanos (la mayor denominación), metodistas, anglicanos, bautistas, presbiterianos y miembros de grupos evangélicos y pentecostales.
Aunque la constitución prohíbe a los gobiernos estatales y locales declarar una religión oficial, varios estados han adoptado recientemente diversas formas del derecho penal y civil islámico conocido como Shari’ah, una medida que muchos cristianos consideran una adopción del Islam como religión de facto. La constitución también contempla la libertad de religión, sin embargo, algunos estados han restringido las manifestaciones, procesiones o reuniones religiosas por una cuestión de seguridad pública. Se sabe que los propietarios de empresas y los funcionarios públicos discriminan a los individuos de una fe diferente a la suya en materia de prestación de servicios y prácticas de contratación. El mismo tipo de discriminación existe entre miembros de diferentes grupos étnicos. Se observan oficialmente algunas fiestas cristianas y musulmanas.
Existe un alto grado de tensión entre cristianos y musulmanes, con un historial de violencia contra ambos grupos. Sin embargo, es posible que los conflictos se deriven principalmente de las diferencias étnicas y regionales, ya que hay varios informes de violencia entre diferentes grupos étnicos de la misma religión.