En los últimos años, numerosas personas LGBT han sido asesinadas y algunos culpan de estos actos a los políticos y a la comunidad religiosa.
El cuerpo desmembrado del estudiante universitario de 19 años Jorge Steven López Mercado fue descubierto el 14 de noviembre de 2009 en Cayey, una ciudad situada en la región interior de la isla. López era muy conocido como voluntario de organizaciones que defienden los derechos de los homosexuales y la prevención del VIH, y los activistas planificaron vigilias de recuerdo para él en ciudades como San Juan, Chicago y Nueva York. Según la policía local, se está investigando como posible delito de odio, en virtud de la recién aprobada ley federal de delitos de odio de Estados Unidos, que incluye los delitos contra personas que son (o se perciben como) homosexuales o transexuales. Juan A. Martínez Matos fue detenido unos días después de que se descubriera el cadáver de López Mercado. El 12 de mayo de 2010, Martínez Matos se declaró culpable y fue condenado a 99 años de prisión por el asesinato de López Mercado.
El 19 de abril de 2010, se descubrió en la cocina de su casa el cadáver de Ashley Santiago, una mujer transgénero que residía en la localidad de Corozal. Santiago, estilista de un salón de belleza local, fue encontrada desnuda en el suelo y apuñalada 14 veces por un agresor desconocido.
El 13 de septiembre de 2010, los cuerpos de Justo Luis «Michelle» González y Miguel Orlando «La Flaca» Soto, dos transexuales, fueron encontrados asesinados junto a una carretera en la pequeña localidad de Juana Díaz. Con estas dos muertes, los activistas LGBT de la isla han declarado que nueve personas homosexuales y transexuales han sido asesinadas en los últimos 10 meses en la isla, y las autoridades locales no han respondido adecuadamente a estos crímenes. En octubre de 2012, Malena Suárez, una mujer transexual que vivía en Carolina, fue encontrada muerta en su casa como resultado de múltiples apuñalamientos. Su muerte supuso el 30º homicidio anti-LGBT en Puerto Rico en una década.