El ser humano colonizó Madagascar por primera vez hace unos 2000 años. Los colonos de Madagascar eran indonesios o personas de ascendencia mixta indonesia/africana. Los comerciantes árabes llegaron a la escena alrededor del año 800-900 d.C., cuando los mercaderes comenzaron a comerciar a lo largo de la costa norte.
El primer europeo conocido que vio Madagascar fue un capitán de barco portugués, Diogo Dias, que avistó la isla el 10 de agosto de 1500, después de que se desviara de su rumbo en el camino a la India. Llamó a la isla San Lorenzo. Más tarde, en el siglo XVI, portugueses, franceses, holandeses e ingleses intentaron establecer asentamientos comerciales en Madagascar. Todos ellos fracasaron debido a las condiciones hostiles y a las feroces luchas de los guerreros malgaches locales.
Los europeos se establecieron por primera vez en Madagascar a finales del siglo XVII, cuando los piratas dominaban la costa oriental de la isla. Estos piratas utilizaban Madagascar como base para atacar a los barcos que traían mercancías a Europa desde la India. En el siglo XVII, los franceses intentaron establecer posiciones militares en la costa oriental, pero volvieron a fracasar. A principios del siglo XIX, el único asentamiento que los franceses podían reclamar era la isla de Sainte Marie.
Mientras tanto, durante el siglo XVIII, los sakalavas de la costa occidental establecieron el primer reino de Madagascar. En 1810, sus rivales, los merina, establecieron un reino sobre la mayor parte del resto de la isla. Su rey, Radama I, estableció relaciones con los británicos y abrió el país a los misioneros ingleses, que difundieron el cristianismo por toda la isla y transcribieron el malgache en una lengua escrita. Bajo el reinado de Radama, una revolución industrial en miniatura llevó la industria a la isla. Tras la muerte de Radama, le sucedió su viuda, Ranavalona I, que aterrorizó al país durante 33 años persiguiendo a los cristianos, desalojando a los extranjeros, ejecutando a los rivales políticos y recuperando la costumbre de matar a los bebés nacidos en días de mala suerte. Tras su muerte, se restablecieron las relaciones con Europa.
En 1883, Francia invadió Madagascar y en 1896 ya había establecido el dominio de la isla, que se convirtió en una colonia francesa. Francia utilizó Madagascar como fuente de madera y especias exóticas, como la vainilla. Los malgaches tuvieron dos grandes levantamientos contra los franceses, en 1918 y 1947, pero el país no obtuvo la independencia hasta el 26 de junio de 1960.
En 1975, Didier Ratsiraka tomó el control del país. Gobernó Madagascar como dictador hasta que fue derrocado en 1991 en medio de un colapso económico. Poco después recuperó la presidencia y gobernó hasta que perdió unas disputadas elecciones en 2001. El nuevo presidente, Marc Ravalomanana, prometió llevar la democracia al país. Ravalomanana, que empezó vendiendo yogures en la calle desde la parte trasera de su bicicleta, construyó un imperio empresarial y se convirtió en el hombre más rico de Madagascar. Desde 2005, sigue siendo presidente y la economía sigue mejorando.
