Uno de los primeros guardianes del faro fue un hombre llamado Peter Rasmussen. Era conocido por su ojo meticuloso y su manera vigilante de mantener el faro. También era conocido por su afición a los puros y es uno de los primeros fantasmas con los que la gente dice haber estado en contacto. A lo largo de los años, el olor del cigarro de Peter ha sido detectado por muchos, incluidos los miembros del personal y los huéspedes.
Otros han visto y oído a otro guardián, Joseph Andreu, en lo alto de la torre; sólo que lleva muerto más de un siglo. Su presencia en el faro podría explicarse por el hecho de que cayó al vacío mientras pintaba el exterior de la torre. Su espíritu nunca se fue y a menudo se le ve mirando desde lo alto.
Pero quizás los fantasmas más conocidos del Faro de San Agustín son los de las dos jóvenes hermanas que también murieron en la propiedad. Hezekiah Pity fue contratado para renovar la torre a finales de 1800. Sus hijas, Eliza y Mary, estaban jugando dentro de un carro que se utilizaba para transportar materiales de un lado a otro del faro. Cuando el carro se soltó, no pudieron saltar a tiempo y el carro se deslizó rápidamente hacia la bahía, precipitando a las dos niñas a una muerte acuática.
Hoy en día y la mayoría de los días desde entonces, se puede oír a las niñas riendo en lo alto de la torre a altas horas de la noche. Otros han visto a Eliza flotando por los terrenos con el mismo vestido azul con el que murió.