En diciembre de 1900, un barco llamado Hesperus zarpó hacia la isla de Eilean Mor, uno de los siete islotes (también conocidos como los «Siete Cazadores») de las islas Flannan, frente a la costa del noroeste de Escocia. El capitán James Harvey tenía la misión de llevar a un farero de relevo como parte de una rotación regular. El viaje se retrasó unos días por el mal tiempo, y cuando Harvey y su tripulación llegaron por fin, estaba claro que algo iba mal. No se había hecho ninguno de los preparativos normales en el muelle de desembarco, el asta de la bandera estaba desnuda y ninguno de los fareros se acercó a recibir al Hesperus. Los guardianes, como se vio, no estaban en la isla en absoluto. Los tres habían desaparecido.
Eilean Mor tenía sus peculiaridades. Los únicos residentes permanentes de la isla eran ovejas, y los pastores se referían a ella como «el otro país», creyendo que era un lugar tocado por algo paranormal. Eilean Mor había provocado durante mucho tiempo una especie de reverencia temerosa en sus visitantes; el principal atractivo de este remoto lugar era una capilla construida en el siglo VII por San Flannan. Incluso aquellos que nunca rezaban se sentían movidos a adorar mientras estaban en Eilean Mor. Las supersticiones y los rituales -como rodear las ruinas de la iglesia de rodillas- eran adoptados por quienes pasaban por allí, y muchos consideraban que Eilean Mor tenía un aura indefinible que no podía ser ignorada.
Lo que la tripulación del Hesperus sí encontró en el faro fue un conjunto de pistas desconcertantes. El guardián sustituto, Joseph Moore, fue el primero en investigar, e informó de una sensación de pavor que lo envolvía todo mientras ascendía por el acantilado hacia el faro recién construido. En el interior, la mesa de la cocina contenía platos de carne, patatas y pepinillos. El reloj estaba parado y había una silla volcada cerca. La lámpara estaba lista para ser encendida, y dos de los tres abrigos de piel de aceite pertenecientes a Thomas Marshall, James Ducat y Donald McArthur habían desaparecido. El portón y la puerta estaban firmemente cerrados.
Estas pistas sólo conducían a más preguntas. ¿Por qué habría salido uno de los guardianes sin su abrigo y, de hecho, por qué habrían salido los tres juntos cuando las normas lo prohibían? Alguien tenía que ocuparse del puesto en todo momento, así que algo inusual debía de haberles hecho salir. Cuando Moore regresó con su informe, Harvey hizo que se registrara la isla. La búsqueda resultó vacía. El capitán envió entonces un telegrama al continente:
Un terrible accidente ha ocurrido en Flannans. Los tres guardianes, Ducat, Marshall y el ocasional han desaparecido de la isla. Cuando llegamos allí esta tarde no se veía ninguna señal de vida en la isla.
Disparamos un cohete pero, como no hubo respuesta, conseguimos que aterrizara Moore, que subió a la estación pero no encontró a ningún guardián allí. Los relojes estaban parados y otras señales indicaban que el accidente debía haber ocurrido hace una semana. Pobrecillos, debieron caer por los acantilados o se ahogaron intentando asegurar una grúa o algo parecido.
Al llegar la noche, no podíamos esperar para saber su destino.
He dejado a Moore, MacDonald, el jefe de la boya y dos marineros en la isla para que mantengan la luz encendida hasta que hagan otros preparativos. No volveré a Oban hasta que tenga noticias suyas. He repetido este cable a Muirhead en caso de que no esté en casa. Me quedaré en la oficina de telégrafos esta noche hasta que cierre, si desea enviarme un telegrama.
Las investigaciones posteriores tampoco condujeron a ninguna parte, aunque el libro de registro del faro proporcionó una nueva serie de detalles confusos. El 12 de diciembre, una entrada de Marshall describía «vientos severos como nunca había visto en veinte años». Escribió que Ducat había estado tranquilo y McArthur había estado llorando, lo que habría sido un comportamiento extraño para un hombre con reputación de marinero duro y experimentado. Al día siguiente, Marshall informó de más detalles de la tormenta y escribió que los tres habían estado rezando, otro comportamiento extraño de guardianes experimentados en un faro nuevo y supuestamente seguro. Lo más extraño de todo es que no se registraron tormentas en la zona los días 12, 13 y 14 de diciembre; todo debería haber estado en calma hasta el 17 de diciembre. El último informe del libro, del 15 de diciembre, decía: «Tormenta terminada, mar en calma. Dios está sobre todo».
La especulación se disparó. ¿Era algo sobrenatural? ¿Criaturas marinas? ¿Un caso de locura y asesinato? ¿Una operación del gobierno? ¿Espías extranjeros? ¿Extraterrestres? En última instancia, fueron las pruebas fuera del faro las que proporcionaron la pista más prometedora para explicar qué había sido de los tres guardianes. En la plataforma de aterrizaje occidental, los daños causados por las recientes tormentas alcanzaban los 60 metros sobre el nivel del mar. Las cuerdas que normalmente se fijaban a un cajón de la grúa de suministros estaban desperdigadas.
Robert Muirhead, superintendente de los Comisarios de la Aurora Boreal, escribió en su informe oficial:
Soy de la opinión de que la explicación más probable de esta desaparición de los hombres es que todos habían bajado en la tarde del sábado 15 de diciembre a las proximidades del desembarco Oeste, para asegurar la caja con las cuerdas de amarre, etc. y que un rodillo inesperadamente grande había subido a la isla, y una gran masa de agua que subía más alto que donde estaban y bajaba sobre ellos los había arrastrado con una fuerza sin resistencia.
Si bien esto (o una aproximación similar) parece posible, la explicación dejaba un margen considerable para la duda. La falta de cuerpos, las condiciones supuestamente tranquilas y la pura experiencia y conocimientos de los fareros aún no se habían tenido en cuenta, y nunca se tendrían. En los años siguientes, otros fareros afirmaron oír voces en el aire salado que gritaban los nombres de Thomas Marshall, James Ducat y Donald McArthur.
En Mysterious Celtic Mythology in American Folklore (Mitología celta misteriosa en el folclore americano), el autor Bob Curran escribe: «Para muchos habitantes de la zona, había pocas dudas de que habían sido transportados al otro mundo».