Durante los últimos cien años, el descubrimiento de nuevos virus ha sido un proceso gradual. Los virus se describieron uno a uno utilizando un conjunto de técnicas como la microscopía electrónica y el cultivo viral. Los investigadores solían interesarse por un estado de enfermedad dentro de un organismo, y las expediciones en ecología viral eran escasas. La llegada de la metagenómica mediante la secuenciación de alto rendimiento ha revolucionado no sólo el ritmo de descubrimiento de virus, sino también la naturaleza de los descubrimientos. Por ejemplo, ahora se pueden atribuir muchas más enfermedades a agentes víricos, los comensales víricos no patógenos son omnipresentes y la descripción de los viromos ambientales está avanzando.
Este ritmo acelerado de descubrimiento de virus viene acompañado tanto de fantásticas posibilidades como de importantes riesgos. Actualmente, la era genómica define el universo viral mediante la caracterización de genotipos, pero estos genotipos rara vez se asocian a un fenotipo y/o a una entidad física. Además, la clasificación taxonómica más avanzada de los virus sólo reconoce varios miles de especies virales, de las cuales una gran parte infecta a los seres humanos. Esto contrasta fuertemente con la diversidad de los organismos celulares de los que dependen todos los virus para su replicación.
En este tema de investigación de Fronteras de la Virología sobre el descubrimiento de virus por medio de la metagenómica, discutiremos cómo se han utilizado los enfoques metagenómicos y bioinformáticos para descubrir, clasificar y caracterizar nuevos virus. Hay que enfrentarse a cuestiones difíciles y establecer controles. Al igual que en la fiebre del oro de California, los grandes descubrimientos en metagenómica viral sólo pueden hacerse reconociendo y abordando los escollos más significativos.
¿Qué enfoques experimentales y líneas de análisis existen para la metagenómica viral? ¿Cuándo podemos estar seguros de haber identificado un nuevo genoma viral? ¿Están anticuadas las normas actuales de lo que se acepta como genoma viral? ¿Hasta qué punto la recombinación genómica viral amenaza un ensamblaje fiable? ¿Cómo podemos anotar o comprender las funciones de los nuevos genes víricos? ¿Cómo podemos determinar el papel de un virus recién descubierto en los procesos de orden superior? ¿Cómo puede aplicarse el enfoque metagenómico en un entorno clínico? ¿Qué nos dice la composición de una comunidad viral asociada al huésped sobre su estado de salud? ¿Hasta qué punto es estable la composición de la comunidad viral en el tiempo y el espacio? Y por supuesto: ¿qué perlas del universo viral hemos descubierto ya mediante la metagenómica?
Para este Tema de Investigación, solicitamos trabajos de investigación originales tanto de grupos experimentales como bioinformáticos. Además, también reservaremos algún espacio para revisiones y perspectivas que aborden las cuestiones enumeradas anteriormente u otros temas candentes de las fronteras del campo del descubrimiento de virus mediante metagenómica.
Nota importante: Todas las contribuciones a este Tema de Investigación deben estar dentro del ámbito de la sección y la revista a la que se presentan, tal y como se define en sus declaraciones de misión. Frontiers se reserva el derecho de orientar un manuscrito fuera de alcance a una sección o revista más adecuada en cualquier etapa de la revisión por pares.