La amonificación es el proceso por el cual el nitrógeno ligado orgánicamente de la biomasa microbiana, vegetal y animal se recicla después de su muerte. La amonificación es llevada a cabo por una diversa gama de microorganismos que realizan servicios de descomposición ecológica, y su producto es el amoníaco o ion amonio. El amonio es una fuente de nutrición adecuada para muchas especies de plantas, especialmente las que viven en suelos ácidos. Sin embargo, la mayoría de las plantas no pueden utilizar el amonio de manera eficaz, y requieren nitrato como su fuente esencial de nutrición de nitrógeno.
El nitrato se sintetiza a partir del amonio mediante un importante proceso bacteriano conocido como nitrificación. El primer paso en la nitrificación es la oxidación del amonio a nitrito (NO- 2 ), función que llevan a cabo las bacterias del género Nitrosomonas. Una vez formado, el nitrito se oxida rápidamente a nitrato, por bacterias del género Nitrobacter. Las bacterias responsables de la nitrificación son muy sensibles a la acidez, por lo que este proceso no se produce a tasas significativas en suelos o aguas ácidas. Esta es la razón por la que las plantas de hábitats ácidos deben ser capaces de utilizar el amonio como su fuente de nutrición de nitrógeno.