Actualmente se conservan cuatro copias del Apocalipsis secreto de Juan. Son prácticamente iguales en su estructura y contenido básicos. Una diferencia notable entre los códices es su longitud individual. El Códice de Berlín y el Códice III de Nag Hammadi son más cortos que los Códices I y II de Nag Hammadi. Otro punto de partida entre los códices es la representación de la figura del Salvador/Cristo. El Códice de Berlín utiliza generalmente el término «Cristo» con más frecuencia, mientras que la narración del Códice III de Nag Hammadi sustituye a menudo el término «Señor» o «Salvador». Sin embargo, el Códice III de Nag Hammadi cierra su texto con la oración «Jesucristo, Amén». Una distinción adicional, con respecto al encuadre cristiano de los textos, es que el Códice III de Nag Hammadi entra en mayor detalle sobre el descenso de la figura de Cristo/Salvador al mundo-prisión del Demiurgo y su papel para facilitar el despertar y la liberación de la humanidad. Estas distinciones pueden representar un cierto grado de variación en la forma en que la cosmología gnóstica fue tejida en un contexto cristiano.
El siguiente resumen del apócrifo procede de la traducción de Wisse.
El texto comienza con Juan describiendo su propio estado de dolor y desconcierto tras la crucifixión de Cristo. El Salvador aparece entonces, adopta diversas formas y, tras desterrar los temores de Juan, ofrece la siguiente narración cosmológica.
El principio divino más elevado es la Mónada. La Mónada es descrita como una «monarquía sin nada por encima de ella». Es supremo, absoluto, eterno, infinito, perfecto, santo y autosuficiente. Pero también se destaca su inefabilidad trascendente. No es cuantificable ni se pueden describir realmente sus cualidades. La Mónada existe en una perfección inconcebible.
La Mónada produce de su pensamiento una entidad o principio divino femenino llamado Barbelo. Ella es descrita como «el primer pensamiento», y la «imagen» de la Mónada. Aunque siempre se hace referencia a Barbelo como «ella», también se la describe como la madre y el padre primordiales. También se la considera «el primer hombre» y se la describe en varios términos de androginia. Es la primera de una clase de seres conocidos como los Eones, y un intercambio entre ella y la Mónada da lugar a los demás Eones. Además, las propiedades de la Luz y la Mente nacen del reflejo de la Mónada en Barbelo. La Luz es sinónimo de Cristo, también llamado «Cristo Autógeno». La Luz y la Mente se comprometen en una actividad creativa ulterior, con la ayuda y la glorificación de los principios superiores de Barbelo y de la Mónada. Juntos, hacen surgir más eones y poderes.
Por último, uno de los Aeones, Sophia «de la Epinoia», rompe la armonía de estos procesos al emprender una actividad creativa sin la participación o el consentimiento del Espíritu de la Mónada y sin la ayuda de un consorte masculino. El poder creativo de su pensamiento produce una entidad llamada Yaltabaoth, que es la primera de una serie de entidades incompletas y demoníacas llamadas los Arcontes. Yaltabaoth, cuyo carácter es malévolo y arrogante, tiene también una forma grotesca. Su cabeza es la de un león mientras que posee un cuerpo de serpiente. Reconociendo la naturaleza deforme e imperfecta de su vástago, Sophia intenta ocultarlo en algún lugar donde los otros Aeones no lo descubran. El acto de esconder a Yaltabaoth también tiene como resultado que el propio Yaltabaoth permanece ignorante del mundo superior y de los otros Aeones.
A pesar del hecho de que Yaltabaoth posee un solo padre y fue creado sin el consentimiento del Espíritu de la Mónada, es lo suficientemente poderoso como para imitar los procesos creativos de los Aeones superiores. Crea toda una serie de otros Arcontes, cada uno de los cuales comparte su propio carácter básicamente deficiente, y crea un mundo para que lo habiten. Este mundo es fundamentalmente inferior al mundo superior. Está hecho de oscuridad, pero animado por la luz robada a Sophia. El resultado es un mundo que no es «claro ni oscuro», sino que es «tenue». En su arrogancia e ignorancia, Yaltabaoth se declara el único y celoso Dios de este reino.
Reconociendo la imperfección de Yaltabaoth y su mundo falsificado, Sophia se arrepiente. Perdonando su error, el Espíritu de la Mónada asiste a los otros Aeones y poderes en un intento de redimir a Sophia y su creación bastarda. Durante este proceso, Yaltabaoth y sus Arcontes escuchan la voz del Espíritu de la Mónada. Aunque la voz les aterroriza, su eco deja un rastro de una imagen del Espíritu en las «aguas» que forman el techo de su reino. Con la esperanza de aprovechar este poder para sí mismos, intentan crear una copia de esta imagen. El resultado final de este proceso es el primer hombre humano, Adán.
Reconociendo la oportunidad de recuperar la luz aprisionada en la oscuridad de Yaltabaoth y su mundo, Sophia y los agentes del orden superior, a los que se denomina de forma variada la «plenoria» o la «Epinoia», y más tarde el «pleroma», idean un plan. Engañan a Yaltabaoth para que sople su propia esencia espiritual en Adán. Esto anima simultáneamente a Adán y vacía a Yaltabaoth de la porción de su ser derivada de Sophia.
Al ver la luminosidad, la inteligencia y la superioridad general del ahora animado Adán, Yaltabaoth y los Arcontes se arrepienten de su creación y hacen todo lo posible por encarcelarlo o deshacerse de él. Al no conseguirlo, intentan neutralizarlo colocándolo en el Jardín del Edén. En esta narración, el Jardín del Edén es un falso paraíso donde el fruto de los árboles es el pecado, la lujuria, la ignorancia, el encierro y la muerte. Mientras dan a Adán acceso al Árbol de la Vida, ocultan el Árbol del Conocimiento del Bien y del Mal. Según esta narración, el Árbol del Conocimiento representa en realidad la penetración de las fuerzas positivas del mundo superior y de la Epinoia en el reino de Yaltabaoth.
En este punto de la narración, Cristo revela a Juan que fue él quien hizo que Adán consumiera el fruto del Árbol del Conocimiento. Además, se revela que Eva es una ayudante enviada por agentes del orden superior para ayudar a liberar la luz aprisionada en la creación de Yaltabaoth y en Adán. Ella es creada cuando Yaltabaoth intenta sacar la luz de Adán. Esto da lugar a la creación del cuerpo femenino. Cuando Adán la percibe, ve un reflejo de su propia esencia y se libera del poder hechizante de Yaltabaoth.
La narración detalla entonces los intentos de Yaltabaoth por recuperar el control sobre la esencia de la Luz. Su plan principal es iniciar la actividad de la reproducción humana, mediante la cual espera crear nuevos cuerpos humanos habitados por un espíritu falsificado. Este espíritu falso permite a Yaltabaoth y a sus agentes engañar a la raza humana, manteniéndola en la ignorancia de su verdadera naturaleza, y es el medio principal por el que Yaltabaoth mantiene a la humanidad en la subyugación. Es la fuente de todo el mal y la confusión terrenales, y hace que la gente muera «sin haber encontrado la verdad y sin conocer al Dios de la verdad».
Después de esta revelación, la narración toma la forma de una serie de preguntas y respuestas entre Juan y el Salvador. En ellas se abordan varios temas, pero en su mayoría son de carácter soteriológico. Juan le pregunta a Cristo quiénes son elegibles para la salvación, y Cristo responde que los que entran en contacto con el verdadero Espíritu recibirán la salvación, mientras que los que están dominados por el espíritu falso recibirán la condenación. En este contexto, Cristo también revela su propio papel como agente liberador del reino superior. Cristo, que se describe a sí mismo como el «recuerdo de la Pronoia» y «el recuerdo del pleroma», trae la luz a la oscuridad de la prisión de Yaltabaoth. Aquí, despierta a los prisioneros para que se despierten y recuerden. Los que reciben y son despertados por la revelación de Cristo son levantados y «sellados… en la luz del agua con cinco sellos». De este modo se libran de la muerte y la condenación. Este aspecto del papel de Cristo se desarrolla con más detalle en el Códice III de Nag Hammadi, mientras que se omite en el Códice de Berlín.
Con esto concluye el mensaje de Cristo. Finalmente, el salvador afirma que cualquiera que comparta estas revelaciones para beneficio personal será maldecido. La versión del texto del Códice III de Nag Hammadi termina con la oración «Jesucristo, Amén».