Precaliente el horno a 400ºF. Coloque las almejas en una sola capa en una olla muy grande, y añada suficiente agua fría para llegar a la bisagra trasera de las almejas (5 a 6 tazas). Tapar y poner a hervir a fuego lento. Reducir el fuego según sea necesario para mantener un hervor lento; cocinar hasta que las almejas se abran, unos 5 minutos. Retirar la olla del fuego y destapar. Dejar reposar hasta que las almejas se enfríen lo suficiente como para manejarlas. Retirar las almejas de la olla, reservando el caldo. Desechar las almejas que no se hayan abierto. Sacar la carne de las almejas de las conchas; picar finamente la carne y reservar.
Usando unas tijeras de ave, cortar las bisagras de las conchas. Colocar la mitad de las conchas en una bandeja para hornear forrada con papel de aluminio. Verter 2 tazas de caldo de almejas en una taza medidora de líquidos, dejando cualquier arena o residuo en el fondo de la olla. Aparte el caldo de almejas. Reservar el caldo restante para otro uso, o desecharlo.
Fundir la mantequilla en una sartén grande a fuego medio. Añada la salchicha y cocine, removiendo de vez en cuando, hasta que la salchicha se haya hinchado y haya soltado su aceite rojo, de 1 a 2 minutos. Retire la salchicha con una espumadera y pásela a un plato forrado con papel de cocina para escurrirla. Añada la cebolla, el apio y el pimiento a la sartén; remueva para cubrir la grasa. Cocine, removiendo a menudo, hasta que las verduras se ablanden, unos 8 minutos. Añada el ajo y cocine, removiendo a menudo, 1 minuto. Retirar del fuego.
Añadir la carne de almeja picada, la salchicha, el pan rallado, el tomillo y 1 taza de caldo de almeja reservado a la sartén, y volver a calentar a fuego medio. Mezclar para combinar; cocinar hasta que se caliente, aproximadamente 1 minuto. (Si la mezcla está demasiado seca, añadir la taza de caldo restante, 1/4 de taza a la vez, según sea necesario. La mezcla debe estar húmeda pero no mojada). Incorpore el perejil, la sal y la pimienta negra.
Distribuya el relleno entre las conchas de las almejas en la bandeja para hornear preparada (aproximadamente 1/4 de taza sin apretar cada una). Hornee en el horno precalentado hasta que la parte superior esté chisporroteando y dorada, unos 20 minutos. Divida los rellenos en 8 platos; adorne con ramitas de perejil y sirva inmediatamente con trozos de limón.