San Diego PadresEdit
Lee byl draftován v prvním kole (celkově 14.) draftu 1993 týmem San Diego Padres a v MLB debutoval 28. dubna 1997.
Florida MarlinsEdit
O rok později byl spolu s dalšími hráči vyměněn do týmu Florida Marlins za Kevina Browna a Lee byl členem mistrovského týmu Marlins v roce 2003. Lee získal svou první Zlatou rukavici během mistrovské sezóny 2003 a jeho velkolepé chycení a neasistovaný putout při tvrdém odpalu Hidekiho Matsuiho z jedné strany utnul rally Yankees a ukončil pátý zápas Světové série vítězstvím Marlins. Marlins vyhráli Světovou sérii v šestém zápase.
Chicago CubsEdit
Lee byl vyměněn do Cubs za Hee-seop Choie. Ve svém prvním roce v týmu Cubs dosáhl úspěšnosti 0,278 s 32 homeruny a 98 RBI. V roce 2005 měl Lee v první polovině sezony nejlepší pálkařský průměr v MLB, 72 RBI a s 27 homeruny se stal lídrem ligy.
Cubs před sezonou 2005 vyměnili superhvězdu Sammyho Sosu, který předtím patřil k jejich nejlepším pálkařům. Lee hned na začátku ukázal, že dokáže ztrátu více než kompenzovat, a zatímco Sosa prožil s týmem Baltimore Orioles neúspěšnou sezonu 2005, Lee zažil kariérní rok. V polovině sezóny patřil k lídrům MLB v každé z kategorií trojkoruny: pálkařský průměr, homeruny a RBI. Lee 28. srpna 2005 odpálil svůj 200. homerun v kariéře, a to od Joshe Becketta, startéra Floridy Marlins. Rok zakončil s nejlepším počtem 46 homerunů v kariéře. Jeho pálkařský průměr 335 bodů byl nejvyšší od roku 1976, kdy Bill Madlock dosáhl průměru 339 bodů, a stal se prvním Cubem od roku 1980, kdy Bill Buckner získal pálkařský titul v Národní lize. V tomto roce také skončil třetí v hlasování o MVP NL a získal ocenění NL Gold Glove a Silver Slugger na první metě.
Lee byl zařazen na americkou soupisku pro World Baseball Classic 2006, kde jako první hráč odpálil homerun za tým USA na World Baseball Classic.
Dne 10. dubna 2006 Lee podepsal s Chicago Cubs pětiletou smlouvu na 65 milionů dolarů. Smlouva nahradila jeho kontrakt na sezónu 2006 a prodloužila jeho působení na pozici prvního baseballisty Cubs až do sezóny 2010 a obsahovala doložku o zákazu výměny. O necelé dva týdny později si Lee zlomil zápěstí při srážce s baserunnerem Rafaelem Furcalem a kvůli zranění vynechal 59 zápasů. Během Leeho pobytu na marodce zaznamenali Cubs bilanci 19-40. Později se Lee vrátil na listinu postižených s poúrazovým zánětem vnější kosti mediální strany zápěstí.
V roce 2008 Lee odpálil 20 homerunů, 90 RBI a měl .291 pálkařský průměr, když Cubs dosáhli nejlepšího výsledku v základní části Národní ligy a dovedli Cubs k prvenství v NL Central, později prohráli v NLDS s Los Angeles Dodgers 3:0 na zápasy. V roce 2009 Lee překonal pomalý začátek sérií 21 odpalů od 29. května do 24. června a skončil devátý v hlasování o nejlepšího hráče NL, protože měl pálkařský průměr .306 a odpálil 35 homerunů a 111 RBI.
Dne 9. června 2010 Lee odpálil svůj 300. homerun v kariéře v zápase proti Milwaukee Brewers.
Dne 25. června 2010 se Lee zapletl do hádky v dugoutu s nadhazovačem Cubs Carlosem Zambranem poté, co nadhazovač v první směně odevzdal čtyři doběhy a zřejmě Leeovi vyčítal, že nedokázal odpálit prudce odpálený lead-off double. Zambrano byl za své chování suspendován.
Atlanta BravesEdit
Koncem července 2010 Lee využil svých práv na desítku a pětku a vetoval výměnu do Los Angeles Angels. Dne 18. srpna 2010 byl Lee se svým souhlasem vyměněn do Atlanty Braves za perspektivní hráče nižší ligy Robinsona Lopeze, Tyrella Harrise a Jeffreyho Loricka. Lee začal 20. srpna 2010 sloužit jako první metař Braves, včetně play off NLDS.
Baltimore OriolesEdit
Lee podepsal z volné ruky roční smlouvu s Baltimore Orioles na sezónu 2011. Za trápící se Orioles odehrál 85 zápasů s pálkou .246, 12 homeruny a 41 doběhy.
Pittsburgh PiratesEdit
Dne 30. července 2011 byl Lee vyměněn do týmu Pirates za hráče první mety nižší ligy A Aarona Bakera a finanční částku. Lee ve svém prvním zápase za Piráty odpálil dva homeruny. Dne 3. srpna byl zasažen nadhozem a zlomil si kost v levém zápěstí a vynechal většinu následujícího měsíce, ale poté produktivně dokončil sezónu jako první metař Pittsburghu. V roce 2011 odehrál Lee za Piráty 28 zápasů, ve kterých dosáhl hodnoty .337, 7 homerunů a 18 RBI.
.