Afhandling til Johannes XXII
Ockham mødte John Lutterell igen i Avignon; i en afhandling til pave Johannes XXII fordømte den tidligere kansler i Oxford Ockhams lære om Sentences og udtog 56 sætninger fra den, som han påviste som værende alvorligt fejlagtige. Lutterell blev derefter medlem af en komité bestående af seks teologer, som udarbejdede to på hinanden følgende rapporter baseret på uddrag af Ockhams kommentar, hvoraf den anden var mere alvorligt kritisk. Ockham forelagde imidlertid paven et andet eksemplar af Ordinatio, hvori han havde foretaget nogle rettelser. Det så ud til, at han ville blive dømt for sin lære, men fordømmelsen kom aldrig.
I det kloster, hvor han boede i Avignon, mødte Ockham Bonagratia af Bergamo, en doktor i civil- og kanonisk ret, der blev forfulgt for sin modstand mod Johannes XXII om problemet med franciskanernes fattigdom. Den 1. december 1327 ankom den franciskanske general Michael af Cesena til Avignon og opholdt sig i samme kloster; også han var blevet indkaldt af paven i forbindelse med striden om ejendomsretten. De var uenige om det teoretiske problem, om Kristus og hans apostle havde ejet de varer, de brugte, dvs. om de havde givet afkald på al ejendomsret (både privat og korporativ), ejendomsretten og retten til at bruge ejendommen. Michael hævdede, at fordi Kristus og hans apostle havde givet afkald på al ejendomsret og al ret til ejendom, var franciskanerne berettiget til at forsøge at gøre det samme.
Forholdet mellem Johannes og Michael blev stadigt dårligere, i en sådan grad, at Michael den 26. maj 1328 flygtede fra Avignon ledsaget af Bonagratia og William. Ockham, der allerede var vidne i en appel, som Michael i hemmelighed havde udarbejdet den 13. april, tilsluttede sig offentligt appellen i september i Pisa, hvor de tre franciskanere opholdt sig under beskyttelse af kejser Ludvig IV den bayerske, som var blevet ekskommunikeret i 1324 og af Johannes XXII proklameret fortabt alle rettigheder til imperiet. De fulgte ham til München i 1330, og herefter skrev Ockham inderligt mod pavedømmet til forsvar for både den strenge franciskanske fattigdomsopfattelse og imperiet.
Ockham fik i 1328 af sin generalmajor instruks om at studere tre pavelige buller om fattigdom og fandt, at de indeholdt mange fejl, der viste, at Johannes XXII var en kætter, som havde fortabt sit mandat på grund af sit kætteri. Hans status som pseudopapst blev efter Ockhams mening bekræftet i 1330-31 af hans prædikener, hvori han foreslog, at de frelstes sjæle ikke nød synet af Gud umiddelbart efter døden, men først efter at de blev genforenet med kroppen ved den sidste dom, en opfattelse, der var i modstrid med traditionen og i sidste ende blev forkastet.
Den vigtigste strid var dog fortsat spørgsmålet om fattigdom, som han mente var så vigtigt for den religiøse fuldkommenhed, at det krævede disciplinering i form af en teori: Den, der vælger at leve under den evangeliske regel fra den hellige Frans, følger i fodsporene på Kristus, som er Gud og derfor universets konge, men som viste sig som en fattig mand, der gav afkald på ejendomsretten, underkastede sig den timelige magt og kun ønskede at regere på denne jord gennem den tro, der var ham tillagt. Dette herredømme kommer til udtryk i form af en kirke, der er organiseret, men som ikke har nogen ufejlbarlig autoritet – hverken fra en pave eller et koncil – og som i det væsentlige er et fællesskab af troende, der har varet gennem århundreder og sikkert vil vare endnu længere, selv om det midlertidigt er reduceret til nogle få eller endog én; alle, uanset status eller køn, skal i kirken forsvare den tro, der er fælles for alle.
For Ockham er pavens magt begrænset af de kristnes frihed, som er fastslået af evangeliet og naturloven. Det er derfor legitimt og i overensstemmelse med evangeliet at tage parti for imperiet mod pavedømmet eller at forsvare, som Ockham gjorde i 1339, den engelske konges ret til at beskatte kirkens ejendom. Fra 1330 til 1338, i denne stridens hede, skrev Ockham 15 eller 16 mere eller mindre politiske værker; nogle af dem blev skrevet i samarbejde, men Opus nonaginta dierum (“værk af 90 dage”), det mest omfangsrige, blev skrevet alene.