I løbet af de sidste hundrede år har opdagelsen af nye vira været en gradvis proces. Virus blev beskrevet en efter en ved hjælp af en række teknikker som f.eks. elektronmikroskopi og viruskultur. Forskerne var normalt interesseret i en sygdomstilstand inden for en organisme, og ekspeditioner inden for viral økologi var sjældne. Fremkomsten af metagenomik ved hjælp af highthroughput-sekventering har revolutioneret ikke blot hastigheden af virusopdagelser, men også arten af opdagelserne. F.eks. kan mange flere sygdomme nu tilskrives virale agenser, ikke-patogene virale kommensaler er allestedsnærværende, og beskrivelsen af miljøviromer gør fremskridt.
Denne accelererende hastighed i opdagelsen af virus er forbundet med både fantastiske muligheder og betydelige risici. På nuværende tidspunkt definerer den genomiske æra det virale univers ved at karakterisere genotyper, men disse genotyper er sjældent forbundet med en fænotype og/eller en fysisk enhed. Desuden er den nyeste taksonomiske klassifikation af vira kun kendt for flere tusinde virusarter, hvoraf en stor del inficerer mennesker. Dette står i skarp kontrast til mangfoldigheden af de celleorganismer, som alle vira er afhængige af for deres replikation.
I dette Frontiers in Virology Research Topic on Virus Discovery by Metagenomics vil vi diskutere, hvordan metagenomiske og bioinformatiske metoder er blevet anvendt til at opdage, klassificere og karakterisere nye vira. Der skal tages stilling til vanskelige spørgsmål, og der skal etableres kontrolforanstaltninger. Ligesom i den californiske guldfeber kan der kun gøres store opdagelser inden for viral metagenomik ved at erkende og tage fat på de største faldgruber.
Hvilke eksperimentelle tilgange og analysepipelines findes der til viral metagenomik? Hvornår kan vi være sikre på, at vi har identificeret et nyt viralt genom? Er de nuværende regler for, hvad der accepteres som et viralt genom, forældede? Hvor alvorligt truer viral genomisk rekombination en pålidelig samling af virale genomer? Hvordan kan vi annotere eller forstå funktionerne af nye virale gener? Hvordan kan vi afgøre, hvilken rolle et nyopdaget virus spiller i processer af højere orden? Hvordan kan den metagenomiske metode anvendes i kliniske omgivelser? Hvad fortæller sammensætningen af et værtsassocieret virussamfund os om værtens sundhedstilstand? Hvor stabil er sammensætningen af virussamfundet på tværs af tid og rum? Og naturligvis: Hvilke perler fra det virale univers har vi allerede opdaget ved hjælp af metagenomik?
I forbindelse med dette forskningstema indkalder vi originale forskningsartikler fra både eksperimentelle og bioinformatiske grupper. Desuden vil vi også reservere plads til anmeldelser og perspektiver, der behandler de ovennævnte spørgsmål eller andre aktuelle emner fra grænseområderne inden for området for opdagelse af virus ved hjælp af metagenomik.
Vigtig bemærkning: Alle bidrag til dette forskningstema skal ligge inden for anvendelsesområdet for den sektion og det tidsskrift, hvortil de indsendes, som defineret i deres mission statements. Frontiers forbeholder sig ret til at henvise et manuskript, der ligger uden for anvendelsesområdet, til en mere egnet sektion eller et mere egnet tidsskrift på et hvilket som helst tidspunkt under peer review.