Den før-koloniale historie i Pohnpei er opdelt i tre faser: Mwehin Kawa eller Mwehin Aramas (ca. 1100); Mwehin Sau Deleur (fra ca. 11001 til ca. 1628); og Mwehin Nahnmwarki (fra ca. 1628 til ca. 1885).
I Pohnpei findes der interessante ruiner af en mikronesisk civilisation, især ruinerne af Nan Madol.
Spansk koloniseringRediger
Den 22. august 1526 blev Carolineøerne, hvori øen Pohnpei i dag indgår, opdaget af den spanske opdagelsesrejsende Toribio Alonso de Salazar. Den 1. januar 1528 tog opdagelsesrejsende Alonso de Saavedra øerne Uluti i besiddelse i den spanske konges navn. Øgruppen blev besøgt i 1542, af Matelotes-øerne i 1543 og 1545 og af Legazpi i 1565.
Den første europæiske besøgende til Ponapé var Pedro Fernández de Quirós, der havde kommandoen over det spanske skib San Geronimo. Han så øen den 23. december 1595; hans beskrivelse af den er kortfattet, og han gik aldrig i land på øen. Det andet kendte europæiske besøg fandt først sted langt senere, nemlig af australieren John Henry Rowe, hvis skib John Bull ankom til øen den 10. september 1825, hvor han blev angrebet af de indfødte. Pohnpei blev sammen med Senyavin-øerne definitivt optaget på de europæiske søkort efter at være blevet observeret af den russiske navigatør Fyodor Litke i 1828, mere end to århundreder efter resten af Carolineøerne. Det vigtigste regeringssæde på Karolinerne lå på denne ø. Spanierne kaldte øen Ponapé og etablerede byen Santiago de la Ascensión, som blev deres første hovedstad. Da det var sæde for den spanske koloni (bestående af embedsmænd, militær, missionærer og filippinske arbejdere), blev den blot kendt som Colonia eller Kolonia, der støder op til den nuværende hovedstad, Palikir.
I 1885 blev der på foranledning af den spanske regering organiseret en ny ekspedition på Filippinerne, der dengang var en koloni under Spanien, for at fortsætte med den endelige besættelse af øgruppen Carolinerne under spansk suverænitet. Øen Ponapé, i den østlige del af øgruppen, der strækker sig over 2.000.000 kvadratkilometer hav, blev valgt som regeringssæde ved hjælp af den tredobbelte støtte Manila-Guaján-Ponapé, som også gjorde det muligt at patruljere effektivt i denne store udstrækning af jurisdiktionelle farvande.
Kommandør Posadillo blev udnævnt til leder af ekspeditionen og ankom til øen i slutningen af 1885. Den sparsomme garnison og det administrative udstyr blev installeret på øen. Virksomheden var ikke økonomisk rentabel på grund af “det lille udvalg af eksportprodukter, afstanden til markederne, det faktum, at den kun kunne besætte et lille antal kvadratkilometer og omkostningerne ved at opretholde et stigende antal afdelinger”; det skyldtes snarere prestigekrav. Derfor blev der, da der i 1887 opstod et oprør blandt de indfødte, som myrdede hele den spanske koloni, straks beordret en ny ekspedition til at tage af sted.
De tropper, der udgjorde den næste spanske ekspedition, blev ledet af kommandør Diaz Varela. En anden chef for flåden, Don Luis Cadarso y Rey, sluttede sig til ekspeditionen som guvernør for øgruppen. Han skulle dø elleve år senere i Cavite, da han gik om bord på det amerikanske slagskib Olímpia, flagskibet for den amerikanske flåde. Ponapé blev nået efter tolv dages smertefuld rejse, og det, som de indfødte havde ødelagt, blev genopbygget og låst inde i et fort. Da de så en vigtig militær tilstedeværelse på øen, accepterede de den spanske autoritet, der blev rådgivet af en europæer ved navn Deoane, som boede blandt dem, og som måske var anstifteren af det tidligere oprør.
Mens det spanske herredømme varede på øen, fandt der fredelige perioder og skænderier sted over dette område med en kompliceret morfologi, der gjorde operationer vanskelige. Oprørerne blev ofte tilsluttet af indfødte folk fra de tilstødende øer, over hvilke der ikke kunne udøves nogen effektiv kontrol. I alle disse år var de spanske tab som følge af disse konfrontationer forholdsmæssigt mange: i en af disse konfrontationer var der f.eks. 30 døde og 50 sårede. Det var ofte nødvendigt at anvende autoritet med absolut magt. Resterne af Fort Alfonso XIII, kendt som “den spanske mur”, stammer fra kolonitiden.
Tysk og japansk kontrolRediger
Efter den spansk-amerikanske krig i 1898 købte Tyskland øen af Spanien; under tysk suverænitet fik kolonien officielt navnet Kolonia. Ponapé blev besat af Japan under Første Verdenskrig, hvorefter Folkeforbundet erklærede, at Carolinasøerne skulle overgå til japansk administration, som krigsgæld for det tyske nederlag, sammen med Marshalløerne og Marianerne (undtagen Guam, amerikansk territorium). Den japanske suverænitet varede fra 1914 til 1945.
USA’s territoriumRediger
Pohnpei, da det var et distrikt under Trust Territory of the Pacific Islands, indeholdt oprindeligt Kosrae, som var en kommune i distriktet. Under Anden Verdenskrig blev øen omgået under de amerikanske amfibiekampagner mellem 1943 og 1945. Militære installationer blev bombet ved flere lejligheder, bl.a. slagskibsbombningerne af USS Massachusetts (BB-59) og USS Iowa (BB-61) samt luftangrebet på Cowpens (CVL-25). Ved krigens afslutning blev Carolinerne en del af Pacific Islands Trust Territory.
Føderationen Mikronesiens Forenede Stater opnåede fuld uafhængighed i 1990. Siden da har Pohnpei været en beskyttet tropisk havn under indirekte amerikansk kontrol.