I 1550’erne havde spanierne udryddet det meste af den indfødte befolkning på Cuba, som indtil da havde været deres primære kilde til slavearbejde. Slaveri af mennesker af afrikansk oprindelse blev derfor indført omkring dette tidspunkt for at afhjælpe manglen på arbejdskraft.”
I Cuba før plantagen boede mange slaver i Havana, øens største havneby, og mange slaver boede i Havana. De ydede tjenester til garnisonerne for Nueva España- og Tierra Firme-flåderne, som ankom til havnen hvert år. I løbet af 1500- og 1600-tallet udgjorde slaver en stor del af servicesektoren i byens økonomi og besatte også mange faglærte stillinger i Havana. Den europæisk-cubanske historiker José Martín Félix de Arrate y Acosta mindede i 1761 om, at “negros og pardos” var “meget dygtige og i stand til at anvende sig selv og blev fornemme mestre, ikke kun i de laveste fag som skomagere, skræddere, murere og tømrere, men også i de fag, der kræver mere dygtighed og genialitet, som f.eks. sølvsmedehåndværk, skulptur, maleri og snedkerarbejde, hvilket deres vidunderlige værker vidner om”. Nogle slaverede havanere arbejdede under et markedsbaseret system, hvor den slavebundne person havde ansvaret for at finde sit eget arbejde og sin egen arbejdsgiver og derefter aflevere en del af sin indtjening til sin ejer.
De slavebundne folk i Cuba begyndte ikke at opleve de barske forhold i plantagebruget før efter 1770’erne, da den internationale plantageøkonomi havde bredt sig til det vestlige Cuba. I 1740 blev Havana Company dannet for at stimulere sukkerindustrien ved at tilskynde til slaveimport til kolonien, selv om det var et tidligt forsøg, der ikke lykkedes. Men i 1762 erobrede det britiske imperium, ledet af jarlen af Albemarle, Havana under Syvårskrigen mod Spanien. I løbet af den årelange besættelse af Havana og de omkringliggende regioner udvidede briterne plantagesystemet på øen og importerede 4.000 slaver fra deres andre besiddelser i Vestindien for at befolke de nye plantager. Disse 4.000 slaver udgjorde næsten 10 % af alle de slaver, der blev importeret til øen i de foregående 250 år. Spanien genvandt kontrollen med de områder af Cuba, der var besat af briterne, i 1763 ved at overgive Florida til briterne i bytte.
Britikkerne havde også befriet 90 slaver, der havde taget parti for dem under invasionen, som anerkendelse af deres bidrag til det spanske nederlag. I betragtning af deres rolle i Syvårskrigen indså den spanske koloniale embedsmand Julián de Arriaga, at slaver kunne blive partisaner for fremmede nationer, der tilbød dem frihed. Han begyndte derfor at udstede cartas de libertad og frigjorde omkring to dusin slaver, som havde forsvaret Havana mod englænderne. Den spanske krone øgede importen af slaver for at sikre de europæisk-cubanske planters loyalitet og for at øge indtægterne fra den lukrative sukkerhandel, da afgrøden var meget efterspurgt i Europa på dette tidspunkt.
I 1792 indledte slaver fra den franske koloni Saint-Domingue en revolution på den nærliggende ø Hispaniola. I 1803 ankom skibe med både hvide europæiske og frie farvede flygtninge til Cuba fra Saint-Domingue med skibe med både hvide europæiske og frie farvede flygtninge. Selv om alle passagererne om bord havde været lovligt frie i henhold til fransk lov i årevis, og mange af de blandede racer var født frie, klassificerede cubanerne ved deres ankomst dem af bare delvis afrikansk afstamning som slaver. De hvide passagerer fik lov til at komme ind på Cuba, mens de afrikanske og mulatte passagerer blev tilbageholdt på skibene. Nogle af de hvide passagerer havde desuden gjort krav på nogle af de sorte passagerer som slaver under rejsen. Kvinder af afrikansk afstamning og deres børn var især udsat for at blive presset til slaveri.
I det lange løb viste Santiago de Cuba sig at være et modtageligt landingssted for mænd og kvinder, der håbede på at genoprette slaveriets sociale forhold og for deres projekt om at omdefinere andre blandt flygtningene som slaver. Santiago, der siden 1789 havde været godkendt som ankomsthavn for den transatlantiske handel med afrikanske fanger, betjente et voksende bagland med plantager, der producerede sukker og kaffe. Der ankom jævnligt skibe fra Afrikas vestkyst, som leverede bundet arbejdskraft til økonomien i byerne og på landet. Mænd og kvinder fra Saint-Domingue, som medbragte både finansielle ressourcer og kommandovaner, kunne overbevise om, at de – og deres “slaver” – havde en værdi for en landbrugseksportsektor i udvikling. De med mere beskedne ressourcer, herunder mænd og kvinder, der blev betegnet som mulatos eller mulatas libres, kunne blot påpege, at de havde brug for arbejdskraft fra en eller to slaver for at undgå at blive en byrde for den cubanske regering.
Haitianerne opnåede endelig deres uafhængighed i 1804. De udråbte den nye republik Haiti, hvilket gjorde den til den anden republik på den vestlige halvkugle og den første, der blev grundlagt af tidligere slaver. De cubanske slaveholdere fulgte disse begivenheder nøje, men trøstede sig med at tro, at oprøret var et resultat af den franske revolutions radikale politik, hvor den franske regering havde afskaffet slaveriet i kolonierne, før den kort efter forsøgte at genindføre det. Efterhånden som de nye frigivne etablerede små subsistenslandbrug i Haiti, fik Cubas plantere en stor del af det sukkermarked, som tidligere var blevet besat af Saint-Domingues store plantager. Efterhånden som sukker voksede til at dominere økonomien i Cuba, udvidede planterne i høj grad deres import af slaver fra Afrika. Som følge heraf “kom der mellem 1791 og 1805 91.211 slaver ind på øen gennem Havana”.
I begyndelsen af det 19. århundrede fulgte de cubanske plantere, som næsten udelukkende var afhængige af udenlandske slavehandlere, nøje med i debatterne om afskaffelse af slaveriet i Storbritannien og det nyligt uafhængige USA. I 1807 forbød både Storbritannien og USA den atlantiske slavehandel, idet det britiske forbud trådte i kraft i 1807 og det amerikanske forbud trådte i kraft i 1808. I modsætning til resten af Amerika dannede den cubanske elite af europæisk afstamning i det 19. århundrede ikke en anti-kolonialbevægelse. De var bekymrede for, at en sådan aktion ville tilskynde de slavebundne cubanere til at gøre oprør. Den cubanske elite anmodede den spanske krone om at oprette et uafhængigt cubansk slavehandelsselskab, og smuglere fortsatte med at sende slaver til øen, når de kunne undgå britiske og amerikanske anti-slaveripatruljer omkring Vestafrika.
I marts 1812 brød en række oprør under ledelse af den frigivne José Antonio Aponte ud i plantagerne på Cuba. Efter at oprørene var blevet undertrykt af de lokale militser, der var bevæbnet af regeringen, blev hundredvis af slaver arresteret, og mange af lederne blev retsforfulgt og henrettet.
I 1817 gjorde Storbritannien og Spanien en samordnet indsats for at reformere deres diplomatiske forbindelser og forhandle om den atlantiske slavehandels juridiske status. En engelsk-spansk traktat i 1817 opnåede formelt spansk tilslutning til straks at stoppe slavehandelen nord for Ækvator og udvide håndhævelsen mod ulovlige slaveskibe. Men som det fremgår af datidens juridiske handelsdokumenter, blev der importeret 372.449 slaver til Cuba, før slavehandelen blev lovligt afsluttet, og mindst 123.775 blev importeret mellem 1821 og 1853.
Selv om slavehandelen ophørte i andre dele af Atlanterhavet, fortsatte den cubanske slavehandel indtil 1867. Ejerskab af mennesker som løsøre slaver forblev lovligt i Cuba indtil 1880. Slavehandlen i Cuba ville ikke systematisk ophøre, før det cubanske slaveri som løsøre blev afskaffet ved et spansk kongeligt dekret i 1886, hvilket gjorde Cuba til et af de sidste lande på den vestlige halvkugle (efter Brasilien) til formelt at afskaffe slaveriet.