5. martsRediger
Nogle af oppositionsgrupperne havde allerede uddelt pamfletter til lokalbefolkningen for at give folk anti-Saddam-stemninger. Det blev også rapporteret, at en række af disse oppositionsgrupper bestod af tidligere soldater fra den regulære irakiske hær, som havde tjent i Kuwait under Golfkrigen. Tidligere samme dag var soldater, der vendte tilbage fra fronten, ankommet til Karbala.
Opstanden begyndte kl. 14.30, da unge begyndte at ride gennem gaderne med våben og angribe regeringsbygninger og loyalistiske soldater. Denne handling provokerede befolkningen til at komme ud af deres hjem med lette våben og knive, kendt som “hvide våben”, for at deltage i angrebet. Disse våben blev suppleret med tungere våben, der blev erobret fra Baath-partiets styrker. Administrationsbygningen for de hellige begavelser var den første, der blev plyndret, og derefter fulgte flere andre. Oprørerne stormede også al-Husseini-hospitalet og overtog dets afdelinger. Mange af de hellige shia-helligdomme blev straks hovedkvarter for oprørerne, hvoraf de to vigtigste var Husayn ibn Alis helligdomme og Al-Abbas ibn Alis helligdomme.
En del af de lokale baathistiske embedsmænd og de øverste sikkerhedsagenter, herunder politichefen og viceguvernøren, blev dræbt på brutal vis, da de ikke trak sig tilbage i tide. Mange af deres lig blev efterladt liggende i deres gader og ofte brændt. I højttalerne fra de shiitiske helligdomme opfordrede oprørerne til, at fanger skulle bringes til Abbas-helligdommen til henrettelse. Om morgenen var byen under fuldstændig kontrol af oprørerne.
6-11. martsRediger
Der var et stort håb om, at Saddams regime ikke ville være i stand til at nedkæmpe dette oprør uden luftvåben, som blev blokeret af koalitionsstyrkerne som en betingelse for Golfkrigens våbenhvile. De amerikanske styrker forhindrede imidlertid ikke Saddam i at bruge overvældende magt til at undertrykke oprøret. Karbala blev udsat for alvorlige artilleribeskydninger, og oprørernes holdepunkter blev angrebet med helikopterskyts på trods af den officielle erklæring om irakiske flyveforbudszoner.
Den irakiske republikanske garde mødte modstand, så snart de trængte ind i byen. Som følge af den overvejende sunnimuslimske republikanske gardes vrede over for shiitterne blev det fortalt, at kampvognene bar plakater med teksten: “Ikke flere shiaer efter i dag”. De vigtigste mål var bl.a. de vigtigste shia-helligdomme og al-Husseini-hospitalet. På hospitalet behandlede lægerne de sårede, mens folk hele tiden skyndte sig ind for at donere blod og medicin, på trods af den koncentrerede beskydning fra de loyalistiske styrker i byens udkant. Oprørerne ydede hård modstand i forsvaret af hospitalet. Da det faldt, samlede hæren læger og sygeplejersker op og tog dem med til henrettelse. Patienter blev smidt ud af vinduerne, og der dukkede rapporter op om bulldozere, der begravede lig på hospitalets område.
Igennem hele modangrebet kunne man høre stemmer i højttalere ved Abbas’ og Husseins helligdomme, der gav ordre til oprørerne om at angribe den republikanske garde. I de sidste dage af oprøret blev helligdommene alvorligt beskadiget af artilleri og raketbeskydning fra helikoptere. Mange oprørere og deres civile sympatisører barrikaderede sig i bygningerne. Videooptagelser viser folk, der danser i eufori og kalder på hjælp fra USA og Iran, som aldrig kom. Da de loyalistiske styrker havde omringet helligdommen, stod lederen af angrebet og en af Saddams håndlangere, Kamal Hussein Majid, på en kampvogn og råbte: “Dit navn er Hussein, og det samme er mit. Lad os se, hvem der er stærkere nu.” Derefter gav han ordre til at åbne ild mod helligdommen. Efter at have sprængt dørene ned, stormede garden ind og dræbte flertallet af dem, der var indenfor, med automatvåbenild.
Når hæren havde kontrol over byen, omringede den hvert distrikt på udkig efter unge mænd. I første omgang skød de hvem som helst, de så. Efter en dag eller deromkring arresterede de alle mænd over 15 år. Shia-kirkefolk, der blev fundet gående på gaderne, blev samlet op og aldrig set igen. Døde lig blev mineret, og det var ikke tilladt at fjerne dem fra gaderne. Helikopterskyts i udkanten beskød efter sigende også civile, der flygtede fra byen.
19. martsRediger
Soldater tog hævn over både oprørere og civile, der ikke var flygtet. De bevægede sig fra distrikt til distrikt og samlede unge mænd op, som de mistænkte for at være oprørere, og transporterede dem til stadioner, hvor nogle blev henrettet. Andre blev efter sigende sendt til et stort fængsel uden for Baghdad. Sådanne mærker indikerede, at oprøret blev officielt undertrykt.