Ammonificering er den proces, hvorved organisk bundet kvælstof fra mikrobiel, vegetabilsk og animalsk biomasse genbruges efter deres død. Ammonificering udføres af en bred vifte af mikroorganismer, der udfører økologiske nedbrydningstjenester, og dens produkt er ammoniak eller ammoniumioner. Ammonium er en passende næringskilde for mange plantearter, især dem, der lever i sure jorde. De fleste planter kan imidlertid ikke udnytte ammonium effektivt, og de har brug for nitrat som deres væsentlige kilde til kvælstofernæring.
Nitrat syntetiseres fra ammonium ved en vigtig bakteriel proces, der kaldes nitrifikation. Det første trin i nitrifikationen er oxidation af ammonium til nitrit (NO- 2 ), en funktion, der udføres af bakterier i slægten Nitrosomonas. Når først nitriten er dannet, oxideres den hurtigt videre til nitrat af bakterier i slægten Nitrobacter. De bakterier, der er ansvarlige for nitrifikationen, er meget følsomme over for syre, så denne proces finder ikke sted i nævneværdige mængder i sur jord eller surt vand. Dette er grunden til, at planter i sure levesteder skal være i stand til at udnytte ammonium som deres kvælstofnæringskilde.