Religionstilhørsforholdet i Nigeria er stærkt forbundet med etnicitet, og der er ret tydelige regionale opdelinger mellem de etniske grupper. De nordlige stater, der er domineret af Hausa- og Fulani-grupperne, er overvejende muslimske, mens de sydlige etniske grupper har et stort antal kristne. I den sydvestlige del af landet er der ingen fremherskende religion. Yoruba-stammen, som er den etniske majoritetsgruppe i den sydvestlige del af landet, praktiserer kristendom, muslimsk religion og/eller den traditionelle yoruba-religion, som er baseret på troen på én øverste gud og flere mindre guddomme.
De samlede statistikker viser, at omkring 50 % af befolkningen er muslimer, hvoraf størstedelen praktiserer den sunnitiske gren af troen. Ca. 40 % er kristne, og ca. 10 % praktiserer traditionelle afrikanske religioner eller ingen religion overhovedet. Mange mennesker
inddrager elementer af traditionelle trosretninger i deres egen praksis af kristendom eller islam. Det kristne samfund består af romersk-katolikker (det største trossamfund), metodister, anglikanere, baptister, presbyterianere og medlemmer af evangelikale og pinsekostale grupper.
Selv om forfatningen forbyder statslige og lokale regeringer at erklære en officiel religion, har en række stater for nylig vedtaget forskellige former for islamisk strafferet og civilret kendt som Shari’ah, et skridt, som mange kristne mener er en vedtagelse af islam som de facto religion. Forfatningen indeholder også bestemmelser om religionsfrihed, men nogle stater har dog begrænset religiøse demonstrationer, processioner eller forsamlinger af hensyn til den offentlige sikkerhed. Virksomhedsejere og offentlige embedsmænd har været kendt for at diskriminere personer med en anden tro end deres egen i forbindelse med levering af tjenesteydelser og ansættelsespraksis. Den samme type forskelsbehandling findes mellem medlemmer af forskellige etniske grupper. Visse kristne og muslimske helligdage overholdes officielt.
Der er en høj grad af spænding mellem kristne og muslimer med en rekord af vold mod begge grupper. Konflikterne kan dog primært stamme fra etniske og regionale forskelle, da der er en række rapporter om vold mellem forskellige etniske grupper af samme religion.