I midten og slutningen af 1960’erne var Kenyatta organisator for Head Start-programmet, der tilbød tidlig børneuddannelse og sundhedstjenester til fattige børn og deres familier. Han støttede besættelsen af en bygning ejet af kvækerne med krav om, at de skulle betale erstatning.
Han arbejdede også for Mississippi Freedom Democratic Party, en gruppe, der anfægtede nægtelsen af stemmeret til afroamerikanere i Mississippi. Det var på dette tidspunkt, at han modtog et brev, der viste sig at være forfalsket af tre FBI-agenter, der arbejdede i COINTELPRO-programmet, som havde til formål at forstyrre og miskreditere folk, der blev betragtet som faretruende radikale. I brevet blev Kenyatta truet med advarsler om at holde sig væk fra Tougaloo College i Mississippi, hvor han havde været studerende. Han forlod Mississippi, men sagsøgte senere regeringen for at have krænket hans grundlovssikrede ret til ytringsfrihed. En talsmand for universitetet, Arthur Page, sagde, at søgsmålet endelig kom for retten i Jackson, Mississippi, i 1985, men at juryen ikke besluttede sig til hans fordel.
Tilbage i Philadelphia fortsatte Kenyatta sin aktivisme. I 1969 blev han valgt som national vicepræsident for Black Economic Development Conference, der som sit ledende dokument opstillede Black Manifesto, der blandt mange ting krævede erstatning til sorte mennesker.
Boykot af Harvard UniversityRediger
Kenyatta blev kendt i Harvard-samfundet som arrangør af en nationalt kontroversiel boykot af et kursus om borgerrettigheder på jurastudiet. Boykotten protesterede mod, at Jack Greenberg, direktør-konsulent for NAACP Legal Defense Fund, blev udpeget som medunderviser i kurset “Racial Discrimination and Civil Rights”. Kurset var tidligere blevet udbudt af Derrick Bell, en af de få sorte medlemmer af det juridiske fakultet, som forlod Harvard i 1981 for at blive dekan for University of Oregon Law School. De studerende havde håbet, at administrationen på jurastudiet ville føje et fakultetsmedlem fra et mindretal til det 58 mand, én kvinde og én sort fastansatte personale. I stedet udpegede Harvard en hvid professor, Greenberg, og J. Levonne Chambers, sort formand for NAACP-fonden.
Som formand for Black Law Students Association (BLSA) var Kenyatta en aktiv talsmand for boykotten både inden for og uden for Harvard. Minoritetsgrupper valgte ham til at skrive et brev med en forklaring på boykotten til Greenberg og Chambers. Dekanen for jurastudiet James Vorenberg sendte en kopi af dette brev sammen med et udkast, der indeholdt hans egen anti-boykot holdning, til de jurastuderende. De nationale medier citerede fra det i artikler om boykotten, hvoraf de fleste kritiserede den boykotterende studerende for, hvad en klummeskribent kaldte “banal etnocentrisme.”
Kenyatta var vred over, hvad han opfattede som ligegyldighed over for minoriteters problemer på jurastudiet og havde forbehold over for de lærere, der “repræsenterer borgerrettighedsstrategier fra 1950’erne.”
Kenyatta mente, at kontroversen om positiv særbehandling på jurastudiet kun var en del af et nationalt problem. Han mente, at økonomiske spørgsmål var den vigtigste bekymring for sorte i Amerika på det tidspunkt, og at positiv særbehandling var “et nøglekoncept” til at hjælpe sorte med at slippe ud af fattigdom.
Borgmesterkandidatur i PhiladelphiaRediger
Kenyatta stillede op til den demokratiske nominering til borgmesterposten i Philadelphia i 1975. På det tidspunkt var Frank L. Rizzo – som Kenyatta kaldte “Nordens George Wallace” – på valg til genvalg og blev udfordret af en hvid liberal statssenator, Louis G. Hill, om partiets nominering. Hill regnede med støtte fra byens sorte befolkning for at slå Rizzo.
Kenyatta støttede ikke Hill og stillede selv op til den demokratiske nominering. Medierne i Philadelphia lagde stor vægt på hans kandidatur, bl.a. fordi han netop havde afsluttet en meget omtalt borgerkampagne mod den sorte mafias narkoring i byen. Selv om Kenyatta sagde, at han gik ind i valgkampen, fordi han ikke mente, at Hill var bedre end Rizzo, har kritikere beskyldt ham for bevidst at splitte de sorte stemmer, så Rizzo ville vinde. Kenyatta benægtede, at han lavede nogen aftaler med Rizzo til gengæld for sin protestkandidatur, men beskyldningerne om hemmelige aftaler blev understøttet af, at to af hans nære venner blev udnævnt til patronageposter i Rizzo-administrationen.
Internationalt arbejdeRediger
Kenyatta var næstformand for Pan African Skills Project, et internationalt uddannelsesprogram, der omfatter USA, Tanzania og Ghana, og var permanent repræsentant i FN’s afdeling for ikke-statslige organisationer. Han var med til at organisere Western New York Chapter of TransAfrica, en Washington-baseret lobbygruppe for afrikanske og caribiske interesser.